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Yorodumi- PDB-3la0: Crystal Structure of UreE from Helicobacter pylori (metal of unkn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3la0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of UreE from Helicobacter pylori (metal of unknown identity bound) | ||||||
Components | Urease accessory protein ureE | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / UreE in metal-bound form / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Chaperone / Nickel / Nickel insertion / Virulence | ||||||
Function / homology | Function and homology information urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.86 Å | ||||||
Authors | Shi, R. / Munger, C. / Assinas, A. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Crystal Structures of Apo and Metal-Bound Forms of the UreE Protein from Helicobacter pylori: Role of Multiple Metal Binding Sites Authors: Shi, R. / Munger, C. / Asinas, A. / Benoit, S.L. / Miller, E. / Matte, A. / Maier, R.J. / Cygler, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3la0.cif.gz | 228.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3la0.ent.gz | 186 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3la0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3la0_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3la0_full_validation.pdf.gz | 472 KB | Display | |
Data in XML | 3la0_validation.xml.gz | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3la0_validation.cif.gz | 31.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3la0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/3la0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3l9zSC 3nxzC 3ny0C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 19412.520 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: ATCC 43504 / Gene: HP_0070, ureE / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q09064 #2: Chemical | ChemComp-UNX / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 5 Details: 16% PEG 8000, 5% glycerol, 0.1M Sodium Citrate pH 5.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 31-ID / Wavelength: 0.9793 |
Detector | Type: MAR165 / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.86→45.06 Å / Num. obs: 18190 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 23.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.86→2.96 Å / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: UreE in apo form (PDB code 3L9Z) Resolution: 2.86→45.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 44.3 / SU ML: 0.385 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.45 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.314 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.86→45.06 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.855→2.93 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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