PDB-3tj9: Crystal structure of Helicobacter pylori UreE bound to Zn2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tj9

タイトル

Crystal structure of Helicobacter pylori UreE bound to Zn2+

要素

Urease accessory protein ureE

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / urease accessory protein

機能・相同性

機能・相同性情報

urea metabolic process / nickel cation binding / unfolded protein binding / protein folding / protein-containing complex assembly / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.521 Å

データ登録者

Banaszak, K. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W.R. / Ciurli, S.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic and X-ray absorption spectroscopic characterization of Helicobacter pylori UreE bound to Ni2+ and Zn2+ reveals a role for the disordered C-terminal arm in metal trafficking.
著者: Banaszak, K. / Martin-Diaconescu, V. / Bellucci, M. / Zambelli, B. / Rypniewski, W. / Maroney, M.J. / Ciurli, S.

履歴

登録	2011年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tj9.cif.gz	255.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tj9.ent.gz	209.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/3tj9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tj8C 3tjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3la0-1 3tja-1 3l9z-1 1gmv-d 3tja-2 2l9h-d 4zrg-d 1ear-1 3lh8-1 3tj8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Urease accessory protein ureE

B: Urease accessory protein ureE

C: Urease accessory protein ureE

D: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

77.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Urease accessory protein ureE

B: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Urease accessory protein ureE

D: Urease accessory protein ureE

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.343, 109.343, 280.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Urease accessory protein ureE 分子量: 19437.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureE, HP_0070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09064
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	TYR 22 AGREES WITH THE SEQUENCE IN GB ABM16833.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4.0M sodium formate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 1.2818, 1.2832, 1.2765

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月15日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2818	1
2	1.2832	1
3	1.2765	1

反射

解像度: 2.52→50 Å / Num. obs: 34454 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1654 / R_sym value: 0.43 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
Auto-Rickshaw	"three wavelength MAD"	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.521→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 16.226 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24484	1051	3.1 %	RANDOM
R_work	0.20261	-	-	-
obs	0.20389	33219	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.521→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4697	0	5	187	4889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	4778
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.975	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.131	5	612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.397	24.518	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.946	15	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.397	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.902	1.5	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.759	2	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.301	3	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.821	4.5	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.521→2.585 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.37	69	-
R_work	0.331	2366	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9799	-1.8419	-0.2348	5.0484	-2.5528	3.9831	0.1511	-0.3124	0.3483	0.4254	-0.1027	-0.2908	-0.8052	0.3916	-0.0484	0.1841	-0.1222	0.0361	0.1365	-0.0449	0.1075	42.6895	-26.3344	-16.2474
2	2.7765	0.4838	-0.9211	1.9986	-0.2645	2.9181	0.0586	0.0507	-0.13	-0.1015	-0.0451	-0.0964	0.0194	-0.0081	-0.0136	0.0274	-0.038	-0.018	0.1096	0.0135	0.0826	37.6877	-49.9378	-6.4869
3	2.7655	3.1171	-0.4367	8.1392	-0.8154	1.6813	0.2229	-0.2849	-0.6851	0.642	-0.6495	-0.8581	0.2431	0.4948	0.4266	0.5114	-0.2384	-0.1227	0.4468	0.2011	0.3845	35.6138	-70.2143	25.8683
4	3.9966	0.3019	1.9484	2.3615	-1.4234	5.6768	0.2738	-0.3545	0.0975	0.3985	-0.3329	-0.145	-0.0162	-0.0541	0.0591	0.1284	-0.1499	-0.0034	0.1957	0.0035	0.1133	34.8231	-47.9957	12.8239
5	0.5509	0.1827	-1.4297	11.143	4.4164	6.0539	0.4255	0.0301	0.0125	-1.9559	-0.3351	0.2851	-2.4348	-0.0485	-0.0904	1.1429	-0.0224	0.0014	0.3479	-0.0704	0.2071	62.8915	-14.3361	6.0752
6	1.3396	-0.6447	-0.3559	3.8434	1.2064	3.6642	0.0023	-0.1332	0.0659	-0.0504	0.1116	0.0121	-0.4154	0.0366	-0.1139	0.0514	0.0002	0.0024	0.1087	-0.035	0.0841	65.6952	-34.2262	8.8328
7	8.1443	2.4254	-1.0724	9.7274	-0.7657	15.5286	0.0422	-1.2769	-1.7418	1.2382	-0.2361	0.2244	2.9414	-0.2812	0.1939	0.7916	-0.0741	0.0153	0.3705	0.1773	0.7321	54.5292	-71.7748	0.1608
8	3.7285	0.5679	0.6873	2.2953	1.2789	2.0626	0.0283	-0.0498	-0.334	0.1901	0.0234	0.0661	0.3536	-0.0389	-0.0516	0.0787	0.0243	-0.0239	0.126	-0.005	0.12	61.6857	-52.8566	-5.1431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	77 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	54 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	56 - 154

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関連情報:EMDBヘッダ

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