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- PDB-1pzs: Crystal Structure of a Cu-Zn Superoxide Dismutase from Mycobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzs
タイトルCrystal Structure of a Cu-Zn Superoxide Dismutase from Mycobacterium tuberculosis at 1.63 resolution
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードoxidoreductase / metal binding protein / Cu-protein / beta core / antioxidant / metal binding / greek key beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host / symbiont-mediated detoxification of host-generated reactive oxygen species / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / cell wall / response to hydroperoxide / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals ...: / response to host / symbiont-mediated detoxification of host-generated reactive oxygen species / symbiont defense to host-produced reactive oxygen species / Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / cell wall / response to hydroperoxide / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / peptidoglycan-based cell wall / response to oxidative stress / copper ion binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Djinovic-Carugo, K. / Spagnolo, L. / Toro, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Unique Features of the sodC-encoded Superoxide Dismutase from Mycobacterium tuberculosis, a Fully Functional Copper-containing Enzyme Lacking Zinc in the Active Site.
著者: Spagnolo, L. / Toro, I. / D'Orazio, M. / O'Neill, P. / Pedersen, J.Z. / Carugo, O. / Rotilio, G. / Battistoni, A. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2003年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7692
ポリマ－20,7061
非ポリマー641
水4,540252
1
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5394
ポリマ－41,4122
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.040, 58.420, 51.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-215-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer generated by the two fold axis: -x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn]


分子量: 20705.762 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 33-240 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: SODC OR RV0432 OR MT0447 OR MTCY22G10.29 / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): QC871
参照: UniProt: P0A608, UniProt: P9WGE9*PLUS, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, zinc chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.9755 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月15日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9755 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.634→27.95 Å / Num. all: 20248 / Num. obs: 20248 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.62 % / Biso Wilson estimate: 21.844 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 13.54
反射 シェル解像度: 1.634→1.8 Å / 冗長度: 3.27 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / Num. unique all: 4640 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JCV.pdb

1jcv


解像度: 1.63→27.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.561 / SU ML: 0.054 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19027 1013 5 %RANDOM
Rwork0.15029 ---
all0.15233 20248 --
obs0.15233 19233 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å21.19 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1204 0 1 252 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0211248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021108
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.951695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.85832593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2335170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.21242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3280.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.5841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48421348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1233407
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4754.5347
LS精密化 シェル解像度: 1.634→1.676 Å / Rfactor Rfree error: 0.087 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.307 61
Rwork0.339 1146
obs-1207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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