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- PDB-1eh4: BINARY COMPLEX OF CASEIN KINASE-1 FROM S. POMBE WITH AN ATP COMPE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eh4
タイトルBINARY COMPLEX OF CASEIN KINASE-1 FROM S. POMBE WITH AN ATP COMPETITIVE INHIBITOR, IC261
要素CASEIN KINASE-1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / CASEIN KINASE-1 / PROTEIN-INHIBITOR BINARY COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type vacuole / regulation of endocytosis / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding ...fungal-type vacuole / regulation of endocytosis / endocytosis / protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IC1 / Casein kinase I homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mashhoon, N. / Demaggio, A.J. / Tereshko, V. / Bergmeier, S.C. / Egli, M. / Hoekstra, M.F. / Kuret, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of a Conformation-Selective Casein Kinase-1 Inhibitor
著者: Mashhoon, N. / Demaggio, A.J. / Tereshko, V. / Bergmeier, S.C. / Egli, M. / Hoekstra, M.F. / Kuret, J.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of Casein Kinase-1, a Phosphate-directed Protein Kinase
著者: Xu, R.M. / Carmel, G. / Sweet, R.M. / Kuret, J. / Cheng, X.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Structural Basis for Selectivity of the Isoquinoline Sulfonamide Family of Protein Kinase Inhibitors
著者: Xu, R.M. / Carmel, G. / Kuret, J. / Cheng, X.
履歴
登録2000年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASEIN KINASE-1
B: CASEIN KINASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,43415
ポリマ－68,7542
非ポリマー1,67913
水84747
1
A: CASEIN KINASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2658
ポリマ－34,3771
非ポリマー8887
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CASEIN KINASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1697
ポリマ－34,3771
非ポリマー7926
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.500, 113.500, 110.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
詳細two molecules in the asymmetric unit are related by a 1/2c translation and a 4 degree rotation along crystal b axis

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要素

#1: タンパク質 CASEIN KINASE-1


分子量: 34377.238 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC CORE RESIDUES 1 - 298 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: A 298 RESIDUE TRUNCATION MUTANT OF CKI1
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
解説: SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE / プラスミド: PT7B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40233, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / 詳細: IC261 was supplied by ICOS
#3: 化合物 ChemComp-IC1 / 3-[(2,4,6-TRIMETHOXY-PHENYL)-METHYLENE]-INDOLIN-2-ONE / IC261


分子量: 311.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, MPD , pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
210 mMMOPS1drop
30.1 mMEGTA1drop
40.1 %2-mercaptoethanol1drop
5100 mM1dropNaCl
62 %(v/v)1dropMe2SO
71.5-1.6 Mammonium sulfate1reservoir
85 mMsodium acetate1reservoir
91 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→98 Å / Num. obs: 18625 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: -0.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Num. unique all: 2283 / % possible all: 76.4
反射
*PLUS
最低解像度: 98 Å / Num. measured all: 98304
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1991701.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: standard cns values
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1832 9.8 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 18625 95.5 %-
all-18625 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.71 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å211.19 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.34 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4770 0 101 47 4918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.452.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 247 9.8 %
Rwork0.328 2283 -
obs--76.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SO4.PARSO4.TOP
X-RAY DIFFRACTION4261_FINAL.PAR261_FINALA.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.94
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.374 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rwork: 0.328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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