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万見
- PDB-1pyy: Double mutant PBP2x T338A/M339F from Streptococcus pneumoniae str... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyy
タイトルDouble mutant PBP2x T338A/M339F from Streptococcus pneumoniae strain R6 at 2.4 A resolution
要素Penicillin-binding protein 2X
キーワードTRANSPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily ...: / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octanoyl-sucrose, esterificated at fructose C6 / Penicillin-binding protein 2X
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Chesnel, L. / Pernot, L. / Lemaire, D. / Champelovier, D. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Zapun, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Structural Modifications Induced by the M339F Substitution in PBP2x from Streptococcus pneumoniae Further Decreases the Susceptibility to beta-Lactams of Resistant Strains
著者: Chesnel, L. / Pernot, L. / Lemaire, D. / Champelovier, D. / Croize, J. / Dideberg, O. / Vernet, T. / Zapun, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF PBP2X FROM A HIGHLY PENICILLIN-RESISTANT STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE CLINICAL ISOLATE
著者: DESSEN, A. / MOUZ, N. / Gordon, E. / HOPKINS, J. / DIDEBERG, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE PENICILLIN BINDING PROTEIN 2X FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE AND ITS ACYL-ENZYME FORM: IMPLICATION IN DRUG RESISTANCE
著者: GORDON, E. / MOUZ, N. / DUEE, E. / DIDEBERG, O.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE PBP2X, A PRIMARY PENICILLIN TARGET ENZYME
著者: PARES, S. / MOUZ, N. / PETILLOT, Y. / HAKENBECK, R. / DIDEBERG, O.
履歴
登録2003年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 600HETEROGEN The octanoyl chain is bound to the fructose group instead of the glucose group.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4774
ポリマ－76,7941
非ポリマー6833
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.224, 64.746, 146.974
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2X / PBP-2X / PBP2X


分子量: 76793.922 Da / 分子数: 1 / 変異: T338A, M339F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 遺伝子: PBPX / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1061 / 参照: UniProt: P59676
#2: 多糖 6-O-octanoyl-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at fructose C6


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at fructose C6
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_6*OCCCCCCCC/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 12% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, 200 mM ammonium sulfate, glycyl-glycyl-glycine, n-octanoylsucrose, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris1droppH8.0
2100 mM1dropNaCl
31 mMEDTA1drop
412 mg/mlprotein1drop
514 %PEG60001reservoir
6100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
7200 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→31 Å / Num. obs: 40275 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 299369
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QME

1qme


解像度: 2.42→30.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1610393.46 / Data cutoff high rms absF: 1610393.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2014 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.244 ---
obs0.218 40275 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.2897 Å2 / ksol: 0.32268 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.49 Å20 Å28.58 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3----8.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→30.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4642 0 45 241 4928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.162.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.012.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.383
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 277 4.9 %
Rwork0.283 5327 -
obs--81.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP
X-RAY DIFFRACTION4OSUCROSE.PARAMOSUCROSE.TOP
X-RAY DIFFRACTION5MPD_CNS.PARAMMPD_CNS.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 31 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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