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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pvq | |||||||||
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タイトル | BASIS FOR A SWITCH IN SUBSTRATE SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF SELECTED VARIANT OF CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE, LNSGG BOUND TO THE ENGINEERED RECOGNITION SITE LOXM7 | |||||||||
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![]() | RECOMBINATION/DNA / CRE / Recombinase / DNA / CRE-LOXP RECOMBINATION / RECOMBINATION-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Baldwin, E.P. / Martin, S.S. / Abel, J. / Gelato, K.A. / Kim, H. / Schultz, P.G. / Santoro, S.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A specificity switch in selected cre recombinase variants is mediated by macromolecular plasticity and water. 著者: Baldwin, E.P. / Martin, S.S. / Abel, J. / Gelato, K.A. / Kim, H. / Schultz, P.G. / Santoro, S.W. #1: ![]() タイトル: Directed evolution of the site specificity of Cre recombinase. 著者: Santoro, S.W. / Schultz, P.G. #2: ![]() タイトル: Modulation of the active complex assembly and turnover rate by protein-DNA interactions in Cre-LoxP recombination. 著者: Martin, S.S. / Chu, V.C. / Baldwin, E. #3: ![]() タイトル: The order of strand exchanges in Cre-LoxP recombination and its basis suggested by the crystal structure of a Cre-LoxP Holliday junction complex. 著者: Martin, S.S. / Pulido, E. / Chu, V.C. / Lechner, T.S. / Baldwin, E.P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 525 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The second part of the tetrameric biological assembly is generated by the two fold axis: x, -y+1, -z+1. |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 10469.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: TOP STRAND OF LOXM7 ENGINEERED DNA SUBSTRATE (LOXP(C7/G28,T8/A27,A9/T26) 由来: (合成) ![]() | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 10438.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: BOTTOM STRAND OF LOXM7 ENGINEERED DNA SUBSTRATE (LOXP(C7/G28,T8/A27,A9/T26) 由来: (合成) ![]() | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 39222.805 Da / 分子数: 2 / Mutation: I174L,T258N,R259S,E262G,E266G / 由来タイプ: 組換発現 詳細: SELECTED CRE SITE-SPECIFIC RECOMBINASE MUTANT (I174L,T258N, R259S, E262G, E266G) 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Sodium Acetate, Calcium Chloride, 2,4-Methylpentanediol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 21-25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Martin, S.S., (2002) J.Mol.Biol., 319, 107. / PH range low: 5.5 / PH range high: 5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月12日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→90 Å / Num. all: 31227 / Num. obs: 29853 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 3001 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KBU 解像度: 2.75→5 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 5 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |