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- PDB-1pv0: Structure of the Sda antikinase -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pv0
タイトルStructure of the Sda antikinase
要素Sda
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sda / KinA / antikinase / histidine kinase / sporulation phosphorelay
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / protein kinase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
Sporulation inhibitor A / Sporulation inhibitor A / Sporulation inhibitor A superfamily / Sporulation inhibitor A / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sporulation inhibitor sda
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Rowland, S.L. / Burkholder, W.F. / Maciejewski, M.W. / Grossman, A.D. / King, G.F.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure and mechanism of Sda: an inhibitor of the histidine kinases that regulate initiation of sporulation in Bacillus subtilis
著者: Rowland, S.L. / Burkholder, W.F. / Cunningham, K.A. / Maciejewski, M.W. / Grossman, A.D. / King, G.F.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: Replication initiation proteins regulate a developmental checkpoint in Bacillus subtilis
著者: Burkholder, W.F. / Kurster, I. / Grossman, A.D.
履歴
登録2003年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein is not available in any reference sequence database

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sda


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4481
ポリマ－5,4481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50Structures with lowest energy and least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sda


分子量: 5448.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: sda / プラスミド: pSLR65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambda DE3) / 参照: UniProt: Q7WY62

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HC(CO)NH-TOCSY
1613D C(CO)NH-TOCSY
171HNHA
1813D HNHB
2923D 13C-separated NOESY
21023D (H)CCH-COSY
21122D DQF-COSY
21222D TOCSY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Sda, 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl, H2OH2O
21 mM Sda, 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl, D2OD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11606.851 atm298 K
21606.851 atm298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Frank Delaglioデータ解析
DYANA1.5Peter Guentert構造決定
X-PLOR3.1Axel Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Structures with lowest energy and least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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