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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nxj | ||||||
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タイトル | SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) | ||||||
![]() | Src substrate cortactin | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / SH3 domain / cortactin / signaling / cancer / invadopodium | ||||||
機能・相同性 | ![]() lamellipodium organization / Arp2/3 complex binding / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of mitophagy / profilin binding / positive regulation of smooth muscle contraction / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of chemotaxis ...lamellipodium organization / Arp2/3 complex binding / mitotic spindle midzone / regulation of cell projection assembly / modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of mitophagy / profilin binding / positive regulation of smooth muscle contraction / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of chemotaxis / postsynaptic actin cytoskeleton / focal adhesion assembly / proline-rich region binding / dendritic spine maintenance / podosome / regulation of axon extension / cortical cytoskeleton / positive regulation of actin filament polymerization / extrinsic apoptotic signaling pathway / neuron projection morphogenesis / ruffle / clathrin-coated pit / voltage-gated potassium channel complex / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / actin filament / cell motility / intracellular protein transport / cell junction / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / growth cone / cell cortex / dendritic spine / focal adhesion / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Twafra, S. / Dessau, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: SH3 domain from Mouse cortactin (P 1 21 1 crystal form) 著者: Twafra, S. / Gil-Henn, H. / Dessau, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 175.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1x69S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6802.532 Da / 分子数: 6 / 断片: SH3 domain, UNP Residues 490-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium citrate pH 5, 3% 2_propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.28→60.257 Å / Num. obs: 17678 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.368 % / Biso Wilson estimate: 30.11 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 6.16 / Num. measured all: 59539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1X69 解像度: 2.282→60.257 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 144.53 Å2 / Biso mean: 40.7326 Å2 / Biso min: 15.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.282→60.257 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.9444 Å / Origin y: -11.1434 Å / Origin z: -14.7689 Å
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精密化 TLSグループ |
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