PDB-1pry: Structure Determination of Fibrillarin Homologue From Hyperthermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pry

タイトル

Structure Determination of Fibrillarin Homologue From Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus furiosus (Pfu-65527)

要素

Fibrillarin-like pre-rRNA processing protein

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Fibrillarin / Pyrococcus furiosus / snoRNP / ribosomal RNA processing / methylation / Pfu-65527 / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / rRNA processing / methylation / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Single Anomalous Scattering / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Deng, L. / Starostina, N.G. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Structure determination of fibrillarin from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus
著者: Deng, L. / Starostina, N.G. / Liu, Z.-J. / Rose, J.P. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics

履歴

登録	2003年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pry.cif.gz	60.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pry.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pry.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pry_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pry_full_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示
XML形式データ	1pry_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	1pry_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/1pry	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sv6-2 7doo-2 6e5g-1 3dcu-d 5zft-1 2hls-2 2x71-1 3gd2-d 4jlf-d 7doo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfu-65527-001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fibrillarin-like pre-rRNA processing protein

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.967, 62.082, 103.363
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fibrillarin-like pre-rRNA processing protein 分子量: 25784.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: FLPA OR PF0059 / プラスミド: pET-21b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U4M2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Fibrillarin-like pre-rRNA processing protein

分子量: 25784.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: FLPA OR PF0059 / プラスミド: pET-21b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8U4M2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.03 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, ammonium phosphate, pH 8.5, Microbatch, temperature 291K

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / 手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 %	PEG8000	1	1
2	200 mM	calcium acetate	1	1
3	100 mM	imidazole	1	1	pH8.0
4	12 %	PEG6000	1	1
5	100 mM	di-ammonium hydrogen phosphate	1	1
6	100 mM	Tris-HCl	1	1	pH8.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	17-ID	1	1.74
シンクロトロン	APS	17-ID	2	0.97

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2001年10月16日
MARRESEARCH	2	CCD	2001年11月18日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.74	1
2	0.97	1

反射

解像度: 1.97→40.46 Å / Num. all: 18879 / Num. obs: 18879 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

解像度: 1.97→2.05 Å / R_sym value: 0.378 / % possible all: 33.9

反射

*PLUS

% possible obs: 82.3 % / R_merge(I) obs: 0.052

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Single Anomalous Scattering / 解像度: 1.97→53.45 Å / SU B: 4.782 / SU ML: 0.129 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25909	1749	9.7 %	RANDOM
R_work	0.20437	-	-	-
obs	0.2097	16201	86.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.298 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.34 Å	0.28 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.27 Å	0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→53.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1819	0	0	158	1977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.35	1.969	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.095	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.744	1.5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.374	2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.088	3	732
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.535	4.5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.42	24
R_work	0.314	273

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM

精密化

*PLUS

最低解像度: 40.06 Å / Num. reflection obs: 17950 / σ(F): 2 / % reflection R_free: 9.7 % / R_factor obs: 0.228 / R_factor R_free: 0.272

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_deg	23.9
X-RAY DIFFRACTION	r_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_improper_angle_deg	0.79

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.42 / R_factor R_work: 0.314

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)