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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1poy | ||||||
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タイトル | SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN COMPLEXED WITH SPERMIDINE (DIMER FORM) | ||||||
![]() | SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() spermidine transmembrane transport / spermidine binding / spermidine transport / putrescine transport / putrescine binding / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sugiyama, S. / Vassylyev, D.G. / Matsushima, M. / Morikawa, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PotD, the primary receptor of the polyamine transport system in Escherichia coli. 著者: Sugiyama, S. / Vassylyev, D.G. / Matsushima, M. / Kashiwagi, K. / Igarashi, K. / Morikawa, K. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Primary Receptor (Potd) of the Polyamine Transport System in Escherichia Coli 著者: Sugiyama, S. / Matsushima, M. / Saisho, T. / Kashiwagi, K. / Igarashi, K. / Morikawa, K. #2: ![]() タイトル: Functions of Pota and Potd Proteins in Spermidine-Preferential Uptake System in Escherichia Coli 著者: Kashiwagi, K. / Miyamoto, S. / Nukui, E. / Kobayashi, H. / Igarashi, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 258.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 209.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36297.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: THE POLYAMINE TRANSPORT GENES IN ESCHERICHIA COLI HAD BEEN CLONED AND WAS PREVIOUSLY DESCRIBED (KASHIWAGI ET AL., (1990) J.BIOL.CHEM. 265\:20893-20897, KASHIWAGI ET AL., (1991) J.BIOL.CHEM. 266\:20922-20927) 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SPD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→300 Å / Num. obs: 38903 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.0679 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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