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- PDB-1pov: ROLE AND MECHANISM OF THE MATURATION CLEAVAGE OF VP0 IN POLIOVIRU... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1pov
タイトルROLE AND MECHANISM OF THE MATURATION CLEAVAGE OF VP0 IN POLIOVIRUS ASSEMBLY: STRUCTURE OF THE EMPTY CAPSID ASSEMBLY INTERMEDIATE AT 2.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE ...) x 3
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 1 (ポリオウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Basavappa, R. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: Role and mechanism of the maturation cleavage of VP0 in poliovirus assembly: structure of the empty capsid assembly intermediate at 2.9 A resolution.
著者: Basavappa, R. / Syed, R. / Flore, O. / Icenogle, J.P. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Mouse-Adapted Type 2(Slash)Type 1 Poliovirus Chimera
著者: Yeates, T.O. / Jacobson, D.H. / Martin, A. / Wychowski, C. / Girard, M. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus
著者: Filman, D.J. / Syed, R. / Chow, M. / Macadam, A.J. / Minor, P.D. / Hogle, J.M.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Myristylation of Picornavirus Capsid Protein Vp4 and its Structural Significance
著者: Chow, M. / Newman, J.F.E. / Filman, D. / Hogle, J.M. / Rowlands, D.J. / Brown, F.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1985
タイトル: Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Hogle, J.M. / Chow, M. / Filman, D.J.
履歴
登録1995年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE SHEET RECORDS DO NOT LIST BETA INTERACTIONS BETWEEN SYMMETRY-RELATED PROTOMERS. THESE ...SHEET THE SHEET RECORDS DO NOT LIST BETA INTERACTIONS BETWEEN SYMMETRY-RELATED PROTOMERS. THESE INCLUDE FIVE-STRANDED BETA TUBES AROUND THE FIVE-FOLD AXES, AS WELL AS EXTENDED SIX-STRANDED SHEETS WHICH JOIN SHEET K FROM ONE PROTOMER WITH SHEET B FROM ANOTHER PROTOMER. HYDROGEN BONDING PATTERNS IN THE BETA TUBES ARE IDENTICAL TO THOSE DESCRIBED IN THE REMARKS OF ENTRY 2PLV.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
3: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: SPHINGOSINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0155
ポリマ－97,4873
非ポリマー5282
水3,783210
1
0: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
3: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,880,883300
ポリマ－5,849,211180
非ポリマー31,672120
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
0: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
3: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 490 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,07425
ポリマ－487,43415
非ポリマー2,63910
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
0: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
3: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 588 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)588,08830
ポリマ－584,92118
非ポリマー3,16712
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
0: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
1: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
3: POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.94 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,940,441150
ポリマ－2,924,60690
非ポリマー15,83660
水1,62190
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)322.900, 358.000, 380.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 0 152
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30928879, -0.8162167, 0.48798633), (0.80181729, 0.4997282, 0.32765947), (-0.51130183, 0.28993456, 0.80901699)46.32068, 31.10212, -18.1285
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5generate(0.30928879, 0.80181729, -0.51130167), (-0.8162167, 0.4997282, 0.28993447), (0.48798649, 0.32765957, 0.80901699)-48.53382, 27.52118, -18.1285
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17generate(-0.49813704, 0.25966947, 0.82730347), (-0.35836451, 0.80715403, -0.46912383), (-0.78957872, -0.53016433, -0.30901699)78.52937, -44.53021, -124.25462
18generate(-0.36886251, 0.7762158, 0.51130167), (0.7762158, 0.55984552, -0.28993447), (-0.51130183, 0.28993456, -0.80901699)48.53382, -27.52118, -171.71566
19generate(0.24686873, 0.83721269, 0.48798633), (0.83721269, -0.43785174, 0.32765947), (0.48798649, 0.32765957, -0.80901699)46.32068, 31.10212, -171.71566
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22generate(0.80830541, 0.51884908, 0.2782768), (-0.48115092, 0.30972858, 0.82009864), (0.33931724, -0.79678356, 0.5)26.41461, 77.84547, -47.46104
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24generate(-0.49813704, -0.35836451, 0.78957847), (0.25966947, 0.80715403, 0.53016417), (-0.82730373, 0.46912399, -0.30901699)74.94843, 50.32429, -124.25462
25generate(-0.84512398, 0.45642901, 0.2782768), (0.45642901, 0.34512398, 0.82009864), (0.27827689, 0.8200989, -0.5)26.41461, 77.84547, -142.38312
26generate(0.03769815, -0.99857683, -0.037725), (0.00142318, -0.03769815, 0.999288), (-0.99928832, -0.03772501)-3.58094, 94.8545, -94.92208
27generate(-0.76972768, -0.54072464, -0.33931714), (-0.54072464, 0.26972768, 0.7967833), (-0.33931724, 0.79678356, -0.5)-32.20869, 75.63233, -142.38312
28generate(-0.49813704, 0.25966947, -0.82730347), (-0.35836451, 0.80715403, 0.46912383), (0.78957872, 0.53016433, -0.30901699)-78.52937, 44.53021, -124.25462
29generate(0.47714105, 0.29648805, -0.82730347), (0.29648805, 0.83187594, 0.46912383), (0.82730373, -0.46912399, 0.30901699)-78.52937, 44.53021, -65.58954
30generate(0.8083054, -0.48115093, -0.33931714), (0.51884908, 0.30972858, 0.7967833), (-0.27827689, -0.8200989, 0.5)-32.20869, 75.63233, -47.46104

-
要素

-
POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE ... , 3種, 3分子 013

#1: タンパク質 POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)


分子量: 37450.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#2: タンパク質 POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)


分子量: 33488.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 POLIOVIRUS NATIVE EMPTY CAPSID (TYPE 1)


分子量: 26547.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human poliovirus 1 (ポリオウイルス) / 属: Enterovirus / 生物種: Poliovirus / 株: Mahoney / 参照: UniProt: P03300

-
非ポリマー , 3種, 212分子 1

#4: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細POLIOVIRUS EMPTY CAPSID PRODUCED BY INFECTING HELA CELLS WITH P1/MAHONEY POLIOVIRUS AND INHIBITING ...POLIOVIRUS EMPTY CAPSID PRODUCED BY INFECTING HELA CELLS WITH P1/MAHONEY POLIOVIRUS AND INHIBITING POLIOVIRUS RNA SYNTHESIS PART WAY IN THE INFECTION CYCLE (SEE BASAVAPPA ET AL. FOR DETAILS).
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlcapsid11
20.8 M11NaCl
310 mMPIPES11
45 mM11MgCl2
51 mM11CaCl2
60.05 M12NaCl
710 mMPIPES12
85 mM12MgCl2
91 mM12CaCl2

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データ収集

反射Num. obs: 610509 / % possible obs: 61.7 %
反射
*PLUS
Num. measured all: 1885617 / Rmerge(I) obs: 0.189

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→30 Å /
Rfactor反射数
obs0.281 607564
原子変位パラメータBiso mean: 18.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6035 0 36 210 6281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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