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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pjg | ||||||
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タイトル | RNA/DNA Hybrid Decamer of CAAAGAAAAG/CTTTTCTTTG | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA-RNA HYBRID / RNA/DNA hybrid / Polypurine Tract of HIV-1 / Moleuclar Replacement / sugar conformation / DNA-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | DNA / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.-L. / Dickerson, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: An unusual sugar conformation in the structure of an RNA/DNA decamer of the polypurine tract may affect recognition by RNase H. 著者: Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.L. / Dickerson, R.E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Direct Methods Determination of an RNA/DNA Hybrid Decamer at 1.15A Resolution 著者: Han, G.W. #2: ジャーナル: To be Published / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of an RNA/DNA Hybrid Reveals Novel Intermolecular Intercalation: Dimer Formation by Base-pair Swapping 著者: Han, G.W. / Kopka, M.L. / Langs, D. / Sawaya, M.R. / Dickerson, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pjg.cif.gz | 46.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pjg.ent.gz | 33.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pjg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1pjg_validation.pdf.gz | 405.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1pjg_full_validation.pdf.gz | 406 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1pjg_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1pjg_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/1pjg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1pjoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3255.076 Da / 分子数: 1 / 断片: Polypurine Tract of HIV-1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2991.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: calcium acetate, cacodylate, beta-octylglucoside, spermidine hydrochloride, 2-methyl,2,4-pentanediol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 17368 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 4.7 / Biso Wilson estimate: 8.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 29.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 11.09 / Num. unique all: 882 / % possible all: 93.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 96 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB ID AH0001 解像度: 1.15→8 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 1 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.158 / Rfactor Rwork: 0.127 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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