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万見
- PDB-5tdj: RNA decamer duplex with four 2'-5'-linkages -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdj
タイトルRNA decamer duplex with four 2'-5'-linkages
要素RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
キーワードRNA / 2'-5'-LINKAGE / PLANT PROTEIN
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Luo, Z. / Sheng, J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into RNA duplexes with multiple 2 -5 -linkages.
著者: Shen, F. / Luo, Z. / Liu, H. / Wang, R. / Zhang, S. / Gan, J. / Sheng, J.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5023
ポリマ－6,4142
非ポリマー881
水79344
1
A: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')

A: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4142
ポリマ－6,4142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area3850 Å2
手法PISA
2
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5894
ポリマ－6,4142
非ポリマー1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area3830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.538, 94.455, 21.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SR

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3206.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED BY SOLID PHASE SYNTHESIS AND PURIFIED BY HPLC
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 40 mM sodium cacodylate pH 7.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, 40mM LiCl, 20 mM MgCl2 and 80 mM SrCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 7870 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MS9

4ms9


解像度: 1.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 3.67 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17033 777 9.9 %RANDOM
Rwork0.15207 ---
obs0.15385 7093 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0 Å2-0.39 Å2
2--0.76 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 424 1 44 469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.011468
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.02202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.255718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8233482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.3626.871466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.3596.872466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.46513.116717
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.57730.115702
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.67330.147699
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.3273668
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.524517
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.5425654
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 41 -
Rwork0.262 501 -
obs--88.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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