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- PDB-6wy2: Crystal structure of RNA-10mer: CCGG(N4-methyl-C)GCCGG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wy2
タイトルCrystal structure of RNA-10mer: CCGG(N4-methyl-C)GCCGG
要素RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
キーワードRNA / RNA DUPLEX
機能・相同性: / RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.928 Å
データ登録者Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Mao, S. / Haruehanroengra, P. / Sheng, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1845486 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1715234 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Base pairing, structural and functional insights into N4-methylcytidine (m4C) and N4,N4-dimethylcytidine (m42C) modified RNA.
著者: Mao, S. / Sekula, B. / Ruszkowski, M. / Ranganathan, S.V. / Haruehanroengra, P. / Wu, Y. / Shen, F. / Sheng, J.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
B: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
C: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
D: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
E: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,29012
ポリマ－16,1055
非ポリマー1857
水2,504139
1
A: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
ヘテロ分子

A: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4914
ポリマ－6,4422
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area1220 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area3860 Å2
手法PISA
2
B: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
C: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5546
ポリマ－6,4422
非ポリマー1124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area3840 Å2
手法PISA
3
D: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
E: RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4914
ポリマ－6,4422
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.740, 30.425, 58.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖
RNA-10mer: CCGG(4-methyl-C)GCCGG


分子量: 3221.007 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.040 M Sodium cacodylate trihydrate pH 7.0, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride, 0.08 M Potassium chloride, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.928→28.052 Å / Num. obs: 10372 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.929→1.998 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 518 / CC1/2: 0.645 / Rpim(I) all: 0.515 / Rrim(I) all: 0.908 / % possible all: 64.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MS9

4ms9


解像度: 1.928→28.052 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 504 4.86 %
Rwork0.1871 --
obs0.1886 10370 83.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.928→28.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1065 7 139 1211
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8441840
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.974585
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9283-2.12230.2871950.26721610X-RAY DIFFRACTION56
2.1223-2.42920.28661300.26062658X-RAY DIFFRACTION91
2.4292-3.05990.28031460.22882770X-RAY DIFFRACTION95
3.0599-28.0550.17131330.14772828X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5501-1.18983.58380.6738-0.40163.3326-0.21540.22930.8454-0.0540.0202-0.1438-0.25890.28270.17950.2911-0.01160.05790.22710.02360.4568-6.153315.192626.8359
24.12722.48471.13627.20210.38822.6872-0.15410.27340.2177-0.2546-0.1930.2086-0.0626-0.28060.28520.2701-0.04510.03570.3748-0.06060.255611.91814.863319.1354
35.82426.06880.22239.01760.28232.665-0.40110.62440.2119-0.68970.28310.0587-0.1611-0.1280.08340.22910.04570.00230.36480.00230.286316.154615.102716.8932
42.83841.8813-4.31253.3399-1.08817.5729-0.55580.5752-0.0501-0.54160.24950.03220.51570.23850.37260.51820.01160.07910.60610.03950.401738.570118.49395.0283
57.08236.1984-4.42957.5357-5.66397.4857-0.4931.11530.172-0.49280.72490.65860.3169-0.7499-0.24940.49980.01430.05330.5863-0.00740.498634.565918.22417.2896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 10 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 10 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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