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- PDB-1pjo: Crystal Structure of an RNA/DNA hybrid of HIV-1 PPT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjo
タイトルCrystal Structure of an RNA/DNA hybrid of HIV-1 PPT
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'
  • 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
キーワードDNA-RNA HYBRID / RNA/DNA hybrid / Polypurine Tract of HIV-1 / Moleuclar Replacement / sugar conformation / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.-L. / Dickerson, R.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: An Unusual Sugar Conformation in the Structure of an RNA/DNA Decamer of the Polypurine Tract May Affect Recognition by RNase H
著者: Kopka, M.L. / Lavelle, L. / Han, G.W. / Ng, H.-L. / Dickerson, R.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Direct Methods Determination of an RNA/DNA Hybrid Decamer at 1.15A Resolution
著者: Han, G.W.
#2: ジャーナル: To be Published / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of an RNA/DNA Hybrid Reveals Novel Intermolecular Intercalation: Dimer Formation by Base-pair Swapping
著者: Han, G.W. / Kopka, M.L. / Langs, D. / Sawaya, M.R. / Dickerson, R.E.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3938
ポリマ－6,2472
非ポリマー1466
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.595, 40.755, 45.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 3255.076 Da / 分子数: 1 / 断片: Polypurine Tract of HIV-1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*G)-3'


分子量: 2991.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: magnesium acetate, beta-octylglucoside, spermidine hydrochloride, cacodylate, 2-methyl,2,4-pentanediol, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magensium acetate11
2cacodylate11
3beta-octylglucoside11
4spermidine HCl11
52-methyl,2,4-pentanediol11
6magensium acetate12
72-methyl,2,4-pentanediol12
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.3 mMhybrid duplex1drop
212 mMcalcium acetate1drop
30.6 mMspermidine hydrochloride1droppH6.8
40.075 %beta-octyl-glycoside1drop
512 mMsodium cacodylate1droppH6.8
612 %(v/v)MPD1drop
750 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 18877 / Num. obs: 18327 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / % possible obs: 74.6 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 4.06 / % possible all: 74.6
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NDB ID AH0001

解像度: 1.1→20 Å / Num. parameters: 5231 / Num. restraintsaints: 19473 / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1564 918 5 %Random
Rwork0.1166 ---
all0.117 17409 --
obs-17409 --
原子変位パラメータBiso mean: 13.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 700 35 99 834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.0430.017
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0190.011
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Rfactor Rwork: 0.492
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.156 / Rfactor Rwork: 0.117
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.06

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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