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- PDB-1ph0: Non-carboxylic Acid-Containing Inhibitor of PTP1B Targeting the S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ph0
タイトルNon-carboxylic Acid-Containing Inhibitor of PTP1B Targeting the Second Phosphotyrosine Site
要素Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
キーワードHYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase 1B / oxalyl-aryl-benzoic acid compound inhibitor / salicylic acid moiety at the second site
機能・相同性
機能・相同性情報


PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway ...PTK6 Down-Regulation / regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / mitochondrial crista / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of JUN kinase activity / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / negative regulation of MAP kinase activity / regulation of endocytosis / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to angiotensin / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of cell-substrate adhesion / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to unfolded protein / regulation of signal transduction / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Regulation of IFNG signaling / negative regulation of signal transduction / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of heart rate / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / endoplasmic reticulum unfolded protein response / protein dephosphorylation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Insulin receptor recycling / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein-tyrosine-phosphatase / cellular response to nitric oxide / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein tyrosine phosphatase activity / protein phosphatase 2A binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / endosome lumen / response to nutrient levels / insulin receptor binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / actin cytoskeleton organization / cellular response to hypoxia / early endosome / postsynapse / cadherin binding / mitochondrial matrix / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-1/2 / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-418 / Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, G. / Xin, Z. / Liang, H. / Abad-Zapatero, C. / Hajduk, P. / Janowick, D. / Szczepankiewicz, B. / Pei, Z. / Hutchins, C.W. / Ballaron, S.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003
タイトル: Selective Protein Tyrosine Phosphatase 1B Inhibitors: Targeting the Second Phosphotyrosine Binding Site with Non-Carboxylic Acid-Containing Ligands.
著者: Liu, G. / Xin, Z. / Liang, H. / Abad-Zapatero, C. / Hajduk, P.J. / Janowick, D.A. / Szczepankiewicz, B.G. / Pei, Z. / Hutchins, C.W. / Ballaron, S.J. / Stashko, M.A. / Lubben, T.H. / Berg, C. ...著者: Liu, G. / Xin, Z. / Liang, H. / Abad-Zapatero, C. / Hajduk, P.J. / Janowick, D.A. / Szczepankiewicz, B.G. / Pei, Z. / Hutchins, C.W. / Ballaron, S.J. / Stashko, M.A. / Lubben, T.H. / Berg, C.E. / Rondinone, C.M. / Trevillyan, J.M. / Jirousek, M.R.
履歴
登録2003年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN CARBONS BEYOND THE O23 ATOM WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY FOR THE 418 LIGAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0432
ポリマ－37,3661
非ポリマー6781
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.940, 88.940, 105.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type 1 / Protein-tyrosine phosphatase 1B / PTP-1B


分子量: 37365.637 Da / 分子数: 1 / 断片: PTP1B Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN1 OR PTP1B / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(D33)pTPASE 1B / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-418 / 2-{4-[2-(S)-ALLYLOXYCARBONYLAMINO-3-{4-[(2-CARBOXY-PHENYL)-OXALYL-AMINO]-PHENYL}-PROPIONYLAMINO]-BUTOXY}-6-HYDROXY-BENZ OIC ACID METHYL ESTER / COMPOUND 6 / N-(ALLYLOXYCARBONYL)-4-[N-(CARBOXY-FORMYL)-2-(BENZOIC ACID)-AMINO]-L-PHENYLALANINYL-AMINO-BUTYLOXY-(6-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER)


分子量: 677.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H35N3O12
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: Precipiation buffer: 100 mM Hepes, 0.2 M Magnesium Acetate, 14% v/v PEG8000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13-4 mg/mlprotein11
22-4 mMdithiothreitol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 24002 / Num. obs: 22263 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.41 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1852 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2000精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
CNX2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PTY and internal refinement of other PTP1B:ligand complexes

1pty


解像度: 2.2→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1932 10 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.213 19340 77.5 %-
all-22229 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3748 Å2 / ksol: 0.345481 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å26.49 Å20 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----4.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 46 213 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.922.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 87 8.7 %
Rwork0.234 911 -
obs-1852 40.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM418.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4418.PAR
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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