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- PDB-1pgr: 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pgr
タイトル2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR
要素
  • PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
  • PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
キーワードCYTOKINE / CLASS1 CYTOKINE / HEMATOPOIETIC RECEPTOR / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of actin filament polymerization / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / neutrophil chemotaxis / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytokine-mediated signaling pathway / endocytic vesicle membrane / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GCSF/MGF / Granulocyte colony-stimulating factor / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site ...GCSF/MGF / Granulocyte colony-stimulating factor / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte colony-stimulating factor / Granulocyte colony-stimulating factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Aritomi, M. / Kunishima, N. / Okamoto, T. / Kuroki, R. / Ota, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Atomic structure of the GCSF-receptor complex showing a new cytokine-receptor recognition scheme.
著者: Aritomi, M. / Kunishima, N. / Okamoto, T. / Kuroki, R. / Ota, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録1999年3月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
B: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
C: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
D: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
E: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
F: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
G: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
H: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,1088
ポリマ－173,1088
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
B: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
C: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
D: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5544
ポリマ－86,5544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
F: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
G: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
H: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5544
ポリマ－86,5544
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.725, 125.725, 373.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.78247, 0.61541, -0.09493), (0.61786, -0.78627, -0.00444), (-0.07737, -0.05518, -0.99547)-8.59733, 37.6754, 82.13613
2given(-0.80372, 0.59498, 0.00623), (0.59286, 0.79987, 0.09343), (0.05061, 0.07879, -0.99561)191.32515, -76.77528, 291.03754
3given(0.85916, 0.48712, -0.15671), (0.48907, -0.87178, -0.02855), (-0.15053, -0.05211, -0.98723)-6.19321, 57.74374, 90.00829
4given(-0.86706, 0.49754, 0.02553), (0.49592, 0.85708, 0.13954), (0.04755, 0.13365, -0.98989)200.76083, -73.60762, 288.21735

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR) / G-CSF


分子量: 18816.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09919
#2: タンパク質
PROTEIN (G-CSF RECEPTOR) / G-CSF-R


分子量: 24460.264 Da / 分子数: 4 / Fragment: CRH REGION (BN DOMAIN:H1-108, BC DOMAIN:H109-215) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: CELLULAR MEMBRANE / 細胞株 (発現宿主): SF-9 / 細胞内の位置 (発現宿主): NUCLEUS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40223
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: manuscript in preparation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 26681 / % possible obs: 69.1 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.198
反射
*PLUS
Num. obs: 26690 / Num. measured all: 173168

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IGR

1igr


解像度: 3.5→8 Å / σ(F): 0
詳細: RIGID-BODY REFINEMENT THE 107TH VALINES IN CHAINS B,D,F,H WERE REMOVED FOR THE RIGID-BODY REFINEMENT. INITIAL MODEL WAS OBTAINED BY A MOLECULAR REPLACEMENT OF 1IGR. A RIGID-BODY REFINEMENT ...詳細: RIGID-BODY REFINEMENT THE 107TH VALINES IN CHAINS B,D,F,H WERE REMOVED FOR THE RIGID-BODY REFINEMENT. INITIAL MODEL WAS OBTAINED BY A MOLECULAR REPLACEMENT OF 1IGR. A RIGID-BODY REFINEMENT WAS APPLIED TO THE MODEL AS INDEPENDENT 12 GROUPS. FURTHER POSITIONAL OR B-FACTOR REFINEMENTS FOR INDIVIDUAL ATOMS WERE NOT APPLIED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.317 --
obs-24595 69.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 36.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11424 0 0 0 11424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.64 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.335 3020 -
obs--69.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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