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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pdx | ||||||
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タイトル | PUTIDAREDOXIN | ||||||
要素 | PROTEIN (PUTIDAREDOXIN) | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSFER / CYTOCHROME P450CAM / FERREDOXIN / IRON-SULFUR CLUSTER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P450-containing electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DG,SA | ||||||
データ登録者 | Pochapsky, T.C. / Jain, N.U. / Kuti, M. / Lyons, T.A. / Heymont, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: A refined model for the solution structure of oxidized putidaredoxin. 著者: Pochapsky, T.C. / Jain, N.U. / Kuti, M. / Lyons, T.A. / Heymont, J. #1: ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, Adx(4-108). 著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: An NMR-derived model for the solution structure of oxidized putidaredoxin, a 2-Fe, 2-S ferredoxin from Pseudomonas. 著者: Pochapsky, T.C. / Ye, X.M. / Ratnaswamy, G. / Lyons, T.A. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Redox-dependent 1H NMR spectral features and tertiary structural constraints on the C-terminal region of putidaredoxin. 著者: Pochapsky, T.C. / Ratnaswamy, G. / Patera, A. #4: ジャーナル: Magn.Reson.Chem. / 年: 1993 タイトル: Characterization of hyperfine-shifted 1H resonances in oxidized and reduced putidaredoxin, an Fe2S2 ferredoxin from Pseudomonas putida 著者: Ratnaswamy, G. / Pochapsky, T.C. #5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992 タイトル: 1H NMR sequential assignments and identification of secondary structural elements in oxidized putidaredoxin, an electron-transfer protein from Pseudomonas. 著者: Ye, X.M. / Pochapsky, T.C. / Pochapsky, S.S. #6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: 1H NMR identification of a beta-sheet structure and description of folding topology in putidaredoxin. 著者: Pochapsky, T.C. / Ye, X.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pdx.cif.gz | 434.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pdx.ent.gz | 358.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pdx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pdx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11428.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 2FE-2S CLUSTER LIGATED BY CYS 39, CYS 45, CYS 48 AND CYS 86 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) 解説: ORIGINALLY ISOLATED FROM P. PUTIDA GROWN WITH CAMPHOR AS SOLE CARBON SOURCE プラスミド: PKM536 / 遺伝子 (発現宿主): CAMB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TB1 / 参照: UniProt: P00259 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FES / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PUTIDAREDOXIN |
-試料調製
試料状態 | pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DG,SA / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOL.>0.5 A, NO DIHEDRAL VIOLATION > 5 DEG. 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 14 |