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万見
- PDB-1p8h: BACTERIORHODOPSIN M1 INTERMEDIATE PRODUCED AT ROOM TEMPERATURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8h
タイトルBACTERIORHODOPSIN M1 INTERMEDIATE PRODUCED AT ROOM TEMPERATURE
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / SERPENTINE / MEROHEDRAL TWINNING
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Lanyi, J.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystallographic Structures of the M and N Intermediates of Bacteriorhodopsin: Assembly of a Hydrogen-Bonded Chain of Water Molecules between Asp-96 and the Retinal Schiff Base
著者: Schobert, B. / Brown, L.S. / Lanyi, J.K.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE 1 THIS ENTRY IS MADE UP OF TWO MODELS WHICH REPRESENT TWO CONFORMATIONS OF THE WILD- ... BIOMOLECULE 1 THIS ENTRY IS MADE UP OF TWO MODELS WHICH REPRESENT TWO CONFORMATIONS OF THE WILD-TYPE PROTEIN. MODEL 1 IS THE M1 INTERMEDIATE WITH OCCUPANCY OF 0.42 WHILE MODEL 2 IS THE NON-ILLUMINATED BACTERIORHODOPSIN (BR STATE) WITH OCCUPANCY OF 0.58.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,90316
ポリマ－26,9301
非ポリマー8,97415
水45025
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,71048
ポリマ－80,7893
非ポリマー26,92245
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area26190 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.907, 60.907, 108.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
モデル数2

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要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR


分子量: 26929.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 細胞内の位置: PLASMA MEMBRANE / 遺伝子: BOP / プラスミド: PRN2367 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#4: 化合物 ChemComp-SQU / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 380.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H56
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6
詳細: mono-olein, potassium phosphate, pH 5.60, CUBIC LIPID PHASE, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: unknown / 詳細: Gabriele, R., (1998) J. Struct. Biol., 121, 82.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.3 mg/mlprotein11
21 Msodium potassium Pi11
32.5 %MPD11

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→25 Å / Num. all: 36506 / Num. obs: 36506 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 646932
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M0L

1m0l


解像度: 1.52→25 Å / Num. parameters: 8321 / Num. restraintsaints: 19854 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 1839 5.3 %THIN SHELLS
obs0.1754 30220 92.1 %-
all-36491 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 233 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2073.79
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 329 25 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0229
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.043
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.172 / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.048
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.52 Å / 最低解像度: 1.56 Å / Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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