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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p7y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the D181A variant of catalase HPII from E. coli | ||||||
![]() | Catalase HPII | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / catalase / beta barrel / channel | ||||||
機能・相同性 | ![]() catalase / hyperosmotic response / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / DNA damage response / heme binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An electrical potential in the access channel of catalases enhances catalysis 著者: Chelikani, P. / Carpena, X. / Fita, I. / Loewen, P.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 630.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 514.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 135.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 198.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84227.438 Da / 分子数: 4 / 変異: D181A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9755 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.8 Å / Num. all: 105796 / Num. obs: 105796 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.94 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 7994 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 88.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 105578 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.49 Å / % possible obs: 88.8 % / Num. unique obs: 7994 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1GGE 解像度: 2.4→29.8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.94 Å
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.49 Å |