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- PDB-1p72: Crystal structure of EHV4-TK complexed with Thy and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p72
タイトルCrystal structure of EHV4-TK complexed with Thy and ADP
要素Thymidine kinase
キーワードTRANSFERASE / P-loop / Lid
機能・相同性
機能・相同性情報


TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus thymidine kinase / Thymidine kinase from herpesvirus / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THYMIDINE / Thymidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases.
著者: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2003年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,23015
ポリマ－74,0272
非ポリマー2,20313
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
2
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,46030
ポリマ－148,0534
非ポリマー4,40726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation8_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area13170 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area52310 Å2
手法PISA
3
A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,46030
ポリマ－148,0534
非ポリマー4,40726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area17480 Å2
ΔGint-334 kcal/mol
Surface area48010 Å2
手法PISA
4
B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

B: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子

A: Thymidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,46030
ポリマ－148,0534
非ポリマー4,40726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area11830 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area53660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.301, 121.014, 118.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Thymidine kinase


分子量: 37013.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Varicellovirus / 株: 1942 / 遺伝子: TK / プラスミド: pUT699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C41 (DE3) / 参照: UniProt: P24425, thymidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-THM / THYMIDINE / DEOXYTHYMIDINE / 2'-DEOXYTHYMIDINE / チミジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 242.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, MES, Dioxane , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MMES1reservoirpH6.5
21.2 Mammonium sulfate1reservoir
35 %dioxane1reservoir
45.5 mg/mlenzyme1drop
51.0 mMTMP1drop
62.0 mMADP1drop
725 mMHEPES1droppH7.0
85 mM1dropMgSO4
95 mMdithiothreitol1drop
10100 mM1dropKCl
115 %glycerol1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 47461
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Num. all: 242846 / % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VTK with unconserved residues modified to alanine

1vtk


解像度: 2.1→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.278 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23175 4541 9.9 %RANDOM
Rwork0.18418 ---
all0.18886 41415 --
obs0.18886 41415 96.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 133 443 5585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0215242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3431.9767150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4535649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.22600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7181.53246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32925208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95331996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.044.51942
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 334
Rwork0.2 3048
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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