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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p72 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of EHV4-TK complexed with Thy and ADP | ||||||
要素 | Thymidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / P-loop / Lid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Structural basis for the dual thymidine and thymidylate kinase activity of herpes thymidine kinases. 著者: Gardberg, A. / Shuvalova, L. / Monnerjahn, C. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p72.cif.gz | 150.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p72.ent.gz | 117.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p72_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p72_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1p72_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p72_validation.cif.gz | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/1p72 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37013.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Equid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) 属: Varicellovirus / 株: 1942 / 遺伝子: TK / プラスミド: pUT699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C41 (DE3) / 参照: UniProt: P24425, thymidine kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, MES, Dioxane , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 47461 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. all: 242846 / % possible obs: 96.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1VTK with unconserved residues modified to alanine 解像度: 2.1→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.278 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.256 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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