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Yorodumi- PDB-5ey9: Structure of FadD32 from Mycobacterium marinum complexed to AMPC12 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ey9 | ||||||
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Title | Structure of FadD32 from Mycobacterium marinum complexed to AMPC12 | ||||||
Components | Long-chain-fatty-acid--AMP ligase FadD32 | ||||||
Keywords | LIGASE / fatty-acyl AMP ligase | ||||||
Function / homology | Function and homology information long-chain-fatty-acid-[acyl-carrier-protein] ligase / long-chain fatty acid [acyl-carrier-protein] ligase activity / lipid biosynthetic process / fatty acid metabolic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium marinum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Guillet, V. / Maveyraud, L. / Mourey, L. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Insight into Structure-Function Relationships and Inhibition of the Fatty Acyl-AMP Ligase (FadD32) Orthologs from Mycobacteria. Authors: Guillet, V. / Galandrin, S. / Maveyraud, L. / Ladeveze, S. / Mariaule, V. / Bon, C. / Eynard, N. / Daffe, M. / Marrakchi, H. / Mourey, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ey9.cif.gz | 487 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ey9.ent.gz | 398 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ey9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/5ey9 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ey8C 3kxwS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 68971.469 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium marinum (bacteria) / Gene: fadD32, MMAR_5365 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: B2HMK0, Ligases; Forming carbon-sulfur bonds; Acid-thiol ligases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.7 / Details: PEG 6000 28% TrisHCl 100 mM / PH range: 8.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-1 / Wavelength: 0.9334 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 4, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9334 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→48.7 Å / Num. all: 53766 / Num. obs: 53766 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.8 % / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 7.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.64 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3KXW Resolution: 2.5→48.7 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.07 / Phase error: 22.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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