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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p3t | ||||||
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タイトル | Crystal Structures of the NO-and CO-Bound Heme Oxygenase From Neisseria Meningitidis: Implications for Oxygen Activation | ||||||
![]() | Heme oxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme oxygenase / heme degradation | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Friedman, J. / Lad, L. / Deshmukh, R. / Li, H. / Wilks, A. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the NO- and CO-bound heme oxygenase from Neisseriae meningitidis. Implications for O2 activation 著者: Friedman, J. / Lad, L. / Deshmukh, R. / Li, H. / Wilks, A. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23609.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heme-complexed 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hemO / プラスミド: pWMZ1651 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9RGD9, heme oxygenase (biliverdin-producing) |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris-HCl, sodium acetate, PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 119 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 12602 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 38.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.67 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.37 / Num. unique all: 1284 / Rsym value: 0.555 / % possible all: 97.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 31166 / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 226194 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J77 解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 46.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.374 |