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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p2f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Response Regulator DrrB, a Thermotoga maritima OmpR/PhoB Homolog | ||||||
要素 | Response Regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / response regulator / DrrB / OmpR/PhoB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Robinson, V.L. / Wu, T. / Stock, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Structural analysis of the domain interface in DrrB, a response regulator of the OmpR/PhoB subfamily 著者: Robinson, V.L. / Wu, T. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p2f.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p2f.ent.gz | 43.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p2f_validation.pdf.gz | 426 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p2f_full_validation.pdf.gz | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1p2f_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p2f_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/1p2f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25793.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) プラスミド: pDB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WXY0 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: sodium and potassium phosphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 27 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月11日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 44556 / Num. obs: 44556 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 87.6 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 7.2 % / Num. measured all: 424245 / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 87.6 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. reflection obs: 40239 / Num. reflection Rfree: 4324 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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