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万見
- PDB-1oye: Structural Basis of Multiple Binding Capacity of the AcrB multidr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oye
タイトルStructural Basis of Multiple Binding Capacity of the AcrB multidrug Efflux Pump
要素Acriflavine resistance protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPF / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Yu, E.W. / McDermott, G. / Zgurskaya, H.I. / Nikaido, H. / Koshland Jr., D.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Structural basis of multiple drug-binding capacity of the AcrB multidrug efflux pump.
著者: Yu, E.W. / McDermott, G. / Zgurskaya, H.I. / Nikaido, H. / Koshland, D.E.
履歴
登録2003年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,9972
ポリマ－113,6651
非ポリマー3311
水00
1
A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,9906
ポリマ－340,9963
非ポリマー9943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area114360 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)145.109, 145.109, 517.161
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Acriflavine resistance protein B


分子量: 113665.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACRB OR ACRE OR B0462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物 ChemComp-CPF / 1-CYCLOPROPYL-6-FLUORO-4-OXO-7-PIPERAZIN-1-YL-1,4-DIHYDROQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID / ciprofloxacin / シプロフロキサシン


分子量: 331.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18FN3O3 / コメント: 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.62 %
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
135 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
30.1 %DDM1drop
420 mMdithiothreitol1drop
57 %PEG40001reservoir
620-40 mMsodium citrate1reservoirpH5.6 or 6.5
720-50 mM1reservoirKNO3
810 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.48→45.05 Å / Num. all: 27189 / Num. obs: 27189 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 49289 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 596530 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 3.63 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.546

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.48→46.6 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 --
Rwork0.257 --
all0.26 --
obs0.26 25799 99 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.48→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7639 0 24 0 7663
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 46.6 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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