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- PDB-4k7q: Crystal Structure of AcrB Complexed with Linezolid at 3.5 Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k7q
タイトルCrystal Structure of AcrB Complexed with Linezolid at 3.5 Resolution
要素Acriflavine resistance protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN/ANTIBIOTIC / inner membrane resistance-nodulation-cell division efflux pump / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZLD / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hung, L.W. / Kim, H.B. / Murakami, S. / Gupta, G. / Kim, C.Y. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of AcrB complexed with linezolid at 3.5 Angstrom resolution.
著者: Hung, L.W. / Kim, H.B. / Murakami, S. / Gupta, G. / Kim, C.Y. / Terwilliger, T.C.
履歴
登録2013年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Non-polymer description
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,5552
ポリマ－114,2181
非ポリマー3371
水00
1
A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子

A: Acriflavine resistance protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,6656
ポリマ－342,6533
非ポリマー1,0123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area19850 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area112220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.685, 144.685, 519.357
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Acriflavine resistance protein B


分子量: 114217.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#2: 化合物 ChemComp-ZLD / N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide / Linezolid / リネゾリド


分子量: 337.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20FN3O4 / コメント: 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1M NaCl 8% PEG 4k 0.1M NaPhosphate pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 26687 / Num. obs: 26634 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Rsym value: 0.788 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→46.591 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3036 1788 6.96 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
all0.255 25704 --
obs0.255 25678 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→46.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7676 0 24 0 7700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76710650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0762831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051357
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.62 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4399 107 -
Rwork0.3589 1041 -
obs-1576 90.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63680.2875-0.040.59010.52642.13930.12750.19450.1995-0.03710.3006-0.1075-0.06820.0568-0.00010.65460.0873-0.01340.93530.01091.070457.481741.7101325.3785
20.04370.12591.69530.8861-0.42450.22180.10110.47110.0292-0.2371-0.33450.00520.43490.2957-0.00310.84270.19310.07451.57690.13880.785552.024927.4286331.9973
3-0.23930.045-0.00461.1124-0.28240.67920.12240.40470.3514-0.5817-0.0520.0340.09680.446501.0382-0.1504-0.21911.87730.44491.411239.053843.6717299.1903
40.34190.16430.23330.65850.13070.2186-0.5180.5551.93690.26090.78911.5002-0.53570.01070.01351.23570.104-0.36621.29230.18581.421641.208459.6993330.5081
50.50270.2757-0.55360.79980.26172.1767-0.01160.39160.3212-0.3736-0.09910.4975-0.8439-0.6402-00.90010.2873-0.18361.3120.09011.193945.110953.0051314.8585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 391 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 392 through 657 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 658 through 708 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 709 through 1036 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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