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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1oyd | ||||||
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タイトル | Structural Basis of Multiple Binding Capacity of the AcrB multidrug Efflux Pump | ||||||
要素 | Acriflavine resistance protein B | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, E.W. / MeDermott, G. / Zgurskaya, H.I. / Nikaido, H. / Koshland Jr., D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2003 タイトル: Structural basis of multiple drug-binding capacity of the AcrB multidrug efflux pump. 著者: Yu, E.W. / McDermott, G. / Zgurskaya, H.I. / Nikaido, H. / Koshland, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1oyd.cif.gz | 203.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1oyd.ent.gz | 160.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1oyd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1oyd_validation.pdf.gz | 613.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1oyd_full_validation.pdf.gz | 657 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1oyd_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1oyd_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oyd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oyd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 113665.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACRB OR ACRE OR B0462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DEQ / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.78→46.61 Å / Num. all: 21326 / Num. obs: 21326 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / Num. obs: 35008 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 212408 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.8 Å / 最低解像度: 3.94 Å / % possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.538 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→46.6 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→46.6 Å
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ソフトウェア | *PLUS バージョン: 5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 46.6 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |