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- PDB-1ow7: Paxillin LD4 motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ow7
タイトルPaxillin LD4 motif bound to the Focal Adhesion Targeting (FAT) domain of the Focal Adhesion Kinase
要素
  • Focal adhesion kinase 1
  • Paxillin
キーワードTRANSFERASE / 4 helical bundle / amphiphatic helix
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin-activated signaling pathway / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / vinculin binding / neuropilin binding / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process ...netrin-activated signaling pathway / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of endothelial cell migration / regulation of epithelial cell migration / detection of muscle stretch / vinculin binding / neuropilin binding / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / JUN kinase binding / signal complex assembly / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of macrophage proliferation / DCC mediated attractive signaling / regulation of osteoblast differentiation / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / Signal regulatory protein family interactions / MET activates PTK2 signaling / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / regulation of focal adhesion assembly / regulation of GTPase activity / positive regulation of wound healing / establishment of cell polarity / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of epithelial cell migration / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cytoskeleton organization / regulation of cell adhesion mediated by integrin / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of anoikis / endothelial cell migration / ephrin receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of protein kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / GAB1 signalosome / regulation of cell adhesion / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / heart morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / Integrin signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SH2 domain binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ciliary basal body / protein tyrosine phosphatase activity / axon guidance / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / non-specific protein-tyrosine kinase / FCGR3A-mediated phagocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / regulation of protein phosphorylation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / placenta development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / beta-catenin binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to reactive oxygen species / cell-cell junction / integrin binding / cell migration / lamellipodium / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / actin binding / cell cortex / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / Extra-nuclear estrogen signaling / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cytoskeleton / cell adhesion / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Paxillin / : / : / Paxillin family / Single helix bin / : / Nucleotidyltransferases domain 2 / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal ...Paxillin / : / : / Paxillin family / Single helix bin / : / Nucleotidyltransferases domain 2 / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain / Focal adhesion kinase, targeting (FAT) domain superfamily / Focal adhesion kinase, N-terminal / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / Focal adhesion targeting region / FERM N-terminal domain / : / FAK1/PYK2, FERM domain C-lobe / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Paxillin / Focal adhesion kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hoellerer, M.K. / Noble, M.E.M. / Labesse, G. / Werner, J.M. / Arold, S.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Molecular Recognition of Paxillin LD Motifs by the Focal Adhesion Targeting Domain
著者: Hoellerer, M.K. / Noble, M.E.M. / Labesse, G. / Werner, J.M. / Arold, S.T.
履歴
登録2003年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Focal adhesion kinase 1
B: Focal adhesion kinase 1
C: Focal adhesion kinase 1
D: Paxillin
E: Paxillin
F: Paxillin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8196
ポリマ－57,8196
非ポリマー00
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.994, 219.665, 96.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-60-

HOH

21C-4-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Focal adhesion kinase 1 / FADK 1 / pp125FAK / Protein- tyrosine kinase 2


分子量: 17836.539 Da / 分子数: 3 / 断片: Focal Adhesion Targeting Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTK2 OR FAK1 OR FAK / プラスミド: pGEX-6P2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05397, EC: 2.7.1.112
#2: タンパク質・ペプチド Paxillin


分子量: 1436.609 Da / 分子数: 3 / 断片: Paxillin LD4 motif / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Sequence derived from human paxillin / 参照: UniProt: P49023*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.01 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: sodium chloride, glycerol, Hepes, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
13.9 M1reservoirNaCl
25 %glycerol1reservoir
3100 mMHEPES1reservoirpH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月30日
詳細: two crystals monochromator between two cylindrical parabolic mirrors
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.6 Å / Num. all: 23071 / Num. obs: 23071 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 1210 / Rsym value: 0.62 / % possible all: 79.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 62275 / Rmerge(I) obs: 0.329
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 42.8 % / Rmerge(I) obs: 0.627

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbentry 1K05

1k05


解像度: 2.6→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1) The second LD4 motif (chain F, bound to molecule C) was fitted into the unbiased 3Fo-2Fc maps (CNS). Its position and orientation were inferred from homology with the well-defined other ...詳細: 1) The second LD4 motif (chain F, bound to molecule C) was fitted into the unbiased 3Fo-2Fc maps (CNS). Its position and orientation were inferred from homology with the well-defined other LD4 - FAT interaction (chains A and C), and are supported by NMR data(see publication). 2) The crystal diffracted anisotropically to 2.8 and 2.6 A resolution. The weak, but consistent, data to 2.6 A were included, as they significantly improved the electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26947 1189 5.2 %RANDOM
Rwork0.23705 ---
all0.2387 23071 --
obs0.23871 23071 78.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.65 Å20 Å20 Å2
2---3.19 Å20 Å2
3----4.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3470 0 0 50 3520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223509
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7132.014744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.4837895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.435442
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2940.23922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1070.21835
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2780.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8281.52252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.03723644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.74331257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5984.51100
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.463 48
Rwork0.435 785
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 29.6 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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