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万見
- PDB-1otu: Structure of the Escherichia coli ClC Chloride channel E148Q muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1otu
タイトルStructure of the Escherichia coli ClC Chloride channel E148Q mutant and Fab Complex
要素
  • Fab fragment (Heavy chain)
  • Fab fragment (Light chain)
  • Voltage-gated ClC-type chloride channel eriC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / ClC chloride channel / Fab complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / B cell differentiation / antigen binding / blood microparticle ...chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / B cell differentiation / antigen binding / blood microparticle / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig heavy chain V region T601 / Immunoglobulin kappa constant / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dutzler, R. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Gating the Selectivity Filter in ClC Chloride Channels
著者: Dutzler, R. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
履歴
登録2003年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-gated ClC-type chloride channel eriC
B: Voltage-gated ClC-type chloride channel eriC
C: Fab fragment (Heavy chain)
D: Fab fragment (Light chain)
E: Fab fragment (Heavy chain)
F: Fab fragment (Light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,35112
ポリマ－193,1386
非ポリマー2136
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.113, 96.090, 170.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細the biological assembly for the ClC channel is a dimer formed by chain A and B / C and D are the heavy and light chain of a Fab fragment. E and F are the heavy and light chain of a Fab fragment.

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要素

#1: タンパク質 Voltage-gated ClC-type chloride channel eriC


分子量: 49657.711 Da / 分子数: 2 / 変異: E148Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ERIC OR B0155 / プラスミド: pet28b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment (Heavy chain)


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line / 参照: UniProt: P01808*PLUS
#3: 抗体 Fab fragment (Light chain)


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma Cell line / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: PEG 300, sodium chloride, glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
128-31 %PEG3001reservoir
250 mMglycine1reservoirpH9.5
3100 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→35 Å / Num. all: 43078 / Num. obs: 41743 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 76.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
最低解像度: 35 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTT

1ott


解像度: 3.3→24.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 2004 4.9 %RANDOM
Rwork0.294 ---
all0.294 42514 --
obs0.294 41239 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.19975 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 79.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.57 Å20 Å22.53 Å2
2--37.03 Å20 Å2
3----22.47 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.65 Å / Luzzati sigma a free: 0.98 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13223 0 6 0 13229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.622
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.072.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.343.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 345 5.1 %
Rwork0.454 6369 -
obs--95.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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