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- PDB-1oq9: The Crystal Structure of the Complex between Stearoyl Acyl Carrie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oq9
タイトルThe Crystal Structure of the Complex between Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean) and Acetate.
要素Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
キーワードOXIDOREDUCTASE / di-iron enzyme / four-helix bundle / fatty acid biosynthesis / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / fatty acid biosynthetic process / defense response / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid desaturase type 2, conserved site / Fatty acid desaturases family 2 signature. / Fatty acid desaturase, type 2 / Fatty acid desaturase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A.K. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Azide and Acetate Complexes plus two iron-depleted Crystal Structures of the Di-iron Enzyme delta9 Stearoyl-ACP Desaturase-Implications for Oxygen Activation and Catalytic Intermediates
著者: Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A. / Lindqvist, Y.
履歴
登録2003年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8744
ポリマ－41,7031
非ポリマー1713
水1,31573
1
A: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子

A: Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7488
ポリマ－83,4072
非ポリマー3416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.110, 94.110, 81.783
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase / Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase


分子量: 41703.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12-15% Peg4000, 80mM Cacodylate, 200mM Magnesium Acetate, 75mM Ammonium Sulphate, 0.2% Octyl glucoside, 20% Glycerol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 5.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
170 mMsodium azide1drop
20.08 Mcacodylate1reservoirpH5.4
3200 mMmagnesium acetate1reservoir
475 mMammonium sulfate1reservoir
50.2 %octyl-glucoside1reservoir
612-15 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 16342 / Num. obs: 16245 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最低解像度: 253 Å / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / Rmerge(I) obs: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 9.161 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26447 819 5 %RANDOM
Rwork0.21582 ---
all0.21812 16342 --
obs0.21812 15426 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 6 73 2822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0241.9473809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6915336
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3411.51692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.65822738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.05931121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7444.51071
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.282 59
Rwork0.274 1098
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 76.978 Å / Origin y: 27.904 Å / Origin z: 0.375 Å
111213212223313233
T0.0193 Å20.06 Å20.0581 Å2-0.3744 Å20.1334 Å2--0.1867 Å2
L3.8359 °20.4257 °20.4678 °2-0.7245 °2-0.173 °2--2.7417 °2
S-0.0374 Å °-0.3512 Å °0.1439 Å °-0.417 Å °-0.5604 Å °-0.1123 Å °0.1827 Å °1.1304 Å °0.5978 Å °
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.264 / Rfactor Rwork: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.453 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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