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万見
- PDB-1ooz: Deletion mutant of SUCCINYL-COA:3-KETOACID COA TRANSFERASE FROM P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ooz
タイトルDeletion mutant of SUCCINYL-COA:3-KETOACID COA TRANSFERASE FROM PIG HEART
要素Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA/BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Utilization of Ketone Bodies / 3-oxoacid CoA-transferase / succinyl-CoA:3-oxo-acid CoA-transferase activity / ketone body metabolic process / ketone body catabolic process / Mitochondrial protein degradation / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I ...3-oxoacid CoA-transferase / Coenzyme A transferase binding site / Coenzyme A transferases signature 1. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit A / Coenzyme A transferase active site / Coenzyme A transferases signature 2. / 3-oxoacid CoA-transferase, subunit B / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Coenzyme A transferase family I / Coenzyme A transferase / Coenzyme A transferase / NagB/RpiA transferase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Succinyl-CoA:3-ketoacid coenzyme A transferase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of the CoA transferase from pig heart to 1.7 A resolution.
著者: Coros, A.M. / Swenson, L. / Wolodko, W.T. / Fraser, M.E.
履歴
登録2003年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,2445
ポリマ－103,1262
非ポリマー1173
水14,088782
1
A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
ヘテロ分子

A: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
B: Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,48710
ポリマ－206,2534
非ポリマー2356
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area33130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.819, 139.112, 68.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer, generated by the two-fold axis: 1-x, -y,z.

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-CoA:3-ketoacid-coenzyme A transferase / Succinyl CoA:3-oxoacid CoA-transferase


分子量: 51563.152 Da / 分子数: 2 / 変異: 288-293 deletions / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: OXCT OR SCOT / 器官: heart / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q29551, 3-oxoacid CoA-transferase
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: PEG 2000, sodium/potassium phosphate, sodium azide , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月24日
放射モノクロメーター: GE 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→200 Å / Num. all: 57628 / Num. obs: 53376 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 40.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 48.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OOY

1ooy


解像度: 2.1→39.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 5219 10 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.166 54747 --
obs0.161 51992 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.8582 Å2 / ksol: 0.371032 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2--1.85 Å20 Å2
3----1.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7057 0 3 782 7842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 726 9.7 %
Rwork0.152 6780 -
obs--83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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