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万見
- PDB-3ikm: Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ikm
タイトルCrystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme
要素
  • DNA polymerase subunit gamma-1
  • DNA polymerase subunit gamma-2
キーワードTRANSFERASE / Human mitochondrial DNA polymerase / Disease mutation / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Magnesium / Mitochondrion / Neuropathy / Nucleotidyltransferase / Progressive external ophthalmoplegia / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial chromosome / mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial chromosome / mitochondrial DNA replication / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / 3'-5' exonuclease activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / protease binding / double-stranded DNA binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #390 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3960 / DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / POLG2, C-terminal / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / DNA polymerase family A ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #390 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3960 / DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / POLG2, C-terminal / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / DNA polymerase family A / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Lee, Y.-S. / Kennedy, W.D. / Yin, Y.W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Structural insight into processive human mitochondrial DNA synthesis and disease-related polymerase mutations.
著者: Lee, Y.S. / Kennedy, W.D. / Yin, Y.W.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: DNA polymerase subunit gamma-2
C: DNA polymerase subunit gamma-2
D: DNA polymerase subunit gamma-1
E: DNA polymerase subunit gamma-2
F: DNA polymerase subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,8016
ポリマ－459,8016
非ポリマー00
水00
1
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: DNA polymerase subunit gamma-2
C: DNA polymerase subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,9003
ポリマ－229,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase subunit gamma-1
E: DNA polymerase subunit gamma-2
F: DNA polymerase subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,9003
ポリマ－229,9003
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area38270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.394, 138.394, 226.312
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細THE BIOLOGICAL UNIT (HOLOENZYME) CONTAINS ONE MONOMERIC CATALYTIC SUBUNIT AND ONE DIMERIC ACCESSORY SUBUNIT.

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-1 / Mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit / PolG-alpha


分子量: 132384.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 70-1239 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質
DNA polymerase subunit gamma-2 / Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / PolG-beta / MtPolB / DNA polymerase gamma ...Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / PolG-beta / MtPolB / DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55


分子量: 48757.902 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 59-485 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHN1, DNA-directed DNA polymerase
配列の詳細THE SEQUENCE PROVIDED BY AUTHORS DOES NOT AGREE WITH THE SEQUENCE IN COORDINATES, AND ALSO DOES NOT ...THE SEQUENCE PROVIDED BY AUTHORS DOES NOT AGREE WITH THE SEQUENCE IN COORDINATES, AND ALSO DOES NOT MATCH THE UNIPROT DATABASE. THE FOLLOWING RESIDUES ARE LINKED TOGETHER IN COORDINATES: (A PRO 370) AND (A LYS 371) (B PRO 137) AND (B GLY 179) (C ARG 146) AND (C SER 178) (D ASN 354) AND (D SER 355) (E PRO 137) AND (E GLY 179) (F ARG 146) AND (F SER 178)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→47 Å / Num. obs: 76584 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.24→46.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 41884.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 3275 4.8 %RANDOM
Rwork0.284 ---
obs0.284 68650 89.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2435 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 83.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20 Å2
2---2.33 Å20 Å2
3---4.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.85 Å0.86 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.14 Å0.74 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.24→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29480 0 0 0 29480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.97
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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