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万見
- PDB-1oop: The Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oop
タイトルThe Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus
要素(Coat protein ...) x 4
キーワードVIRUS / PICORNAVIRUS STRUCTURE / VIRUS/VIRAL PROTEIN / VIRUS-RECEPTOR INTERACTIONS / HOST ADAPTATION / CAR / DAF / COXSACKIEVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C ...: / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A ...Picornavirus coat protein VP4 / Rhinovirus 14, subunit 4 / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / Irregular / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Swine vesicular disease virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Fry, E.E. / Knowles, N.J. / Newman, J.W.I. / Wilsden, G. / Rao, Z. / King, A.M.Q. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Swine Vesicular Disease Virus and Implications for Host Adaptation
著者: Fry, E.E. / Knowles, N.J. / Newman, J.W.I. / Wilsden, G. / Rao, Z. / King, A.M.Q. / Stuart, D.I.
履歴
登録2003年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein VP1
B: Coat protein VP2
C: Coat protein VP3
D: Coat protein VP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2606
ポリマ－93,7334
非ポリマー5282
水00
1
A: Coat protein VP1
B: Coat protein VP2
C: Coat protein VP3
D: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,655,623360
ポリマ－5,623,951240
非ポリマー31,672120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein VP1
B: Coat protein VP2
C: Coat protein VP3
D: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 471 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,30230
ポリマ－468,66320
非ポリマー2,63910
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein VP1
B: Coat protein VP2
C: Coat protein VP3
D: Coat protein VP4
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 566 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)565,56236
ポリマ－562,39524
非ポリマー3,16712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)354.1, 371.7, 318.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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Coat protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Coat protein VP1


分子量: 31538.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Swine vesicular disease virus (STRAIN UKG/27/72) (ウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 株: UKG-27-72 / 参照: UniProt: P13900
#2: タンパク質 Coat protein VP2


分子量: 28652.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Swine vesicular disease virus (STRAIN UKG/27/72) (ウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 株: UKG-27-72 / 参照: UniProt: P13900
#3: タンパク質 Coat protein VP3


分子量: 26084.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Swine vesicular disease virus (STRAIN UKG/27/72) (ウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 株: UKG-27-72 / 参照: UniProt: P13900
#4: タンパク質 Coat protein VP4


分子量: 7457.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Swine vesicular disease virus (STRAIN UKG/27/72) (ウイルス)
属: Enterovirus / 生物種: Human enterovirus B / 株: UKG-27-72 / 参照: UniProt: P13900

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#6: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 15-25% saturated ammonium sulfate, 100mM phosphate buffer, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
215-25 %satammonium sulfate1reservoir
3100 mMphosphate buffer1reservoirpH7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 406689 / % possible obs: 49.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.482 / % possible all: 45.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 46 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Adxvdata processing
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Coxsackievirus A9

解像度: 3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: A free R value is absent because the high non-crystallographic symmetry of viruses makes this less relevant.
Rfactor反射数
all0.245 253299
obs0.245 253299
原子変位パラメータBiso mean: 14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6363 0 36 0 6399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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