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- PDB-1onq: Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1onq
タイトルCrystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1a
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein-Glycolipid complex / beta sheet platform
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / positive regulation of receptor binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / regulation of membrane depolarization / endogenous lipid antigen binding ...: / : / : / : / positive regulation of receptor binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / regulation of membrane depolarization / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / retina homeostasis / positive regulation of protein binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Chem-SLF / Beta-2-microglobulin / T-cell surface glycoprotein CD1a / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Elsliger, M.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of CD1a in complex with a sulfatide self antigen at a resolution of 2.15 A.
著者: Zajonc, D.M. / Elsliger, M.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A.
履歴
登録2003年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
C: T-cell surface glycoprotein CD1a
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,32413
ポリマ－88,5174
非ポリマー3,8069
水8,107450
1
A: T-cell surface glycoprotein CD1a
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4477
ポリマ－44,2592
非ポリマー2,1885
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
C: T-cell surface glycoprotein CD1a
D: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8766
ポリマ－44,2592
非ポリマー1,6184
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.407, 42.711, 204.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biologically active subunit is a heterodimer of CD1a and beta-2-microglobulin

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1a / CD1a antigen / T-cell surface antigen T6/Leu-6 / hTa1 thymocyte antigen


分子量: 32510.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1A / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 cells / 参照: UniProt: P06126
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / HDCMA22P


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pRMHa3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): SC2 cells / 参照: UniProt: P01884, UniProt: P61769*PLUS

-
糖 , 4種, 7分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 452分子

#6: 化合物 ChemComp-SLF / SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE / (E)-1-O-(3-O-スルホ-β-D-ガラクトピラノシル)-N-(1-オキソオクタデシル)-4-スフィンゲニン


分子量: 808.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO11S
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8.5
詳細: MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 8.5 / PH range high: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlprotein1drop
218 %PEG2000 MME1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月11日
放射モノクロメーター: SI 220 SINGLE CRYSTAL, CYLINDRICALLY BENT
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 48912 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZQ

1gzq


解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.285 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2236 4.6 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 46342 92 %-
all-46342 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6104 0 237 450 6791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0216552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9498896
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.901313091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.875741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.027105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.26410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2560.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5781.53722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07626007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58832830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5324.52889
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.354 133
Rwork0.385 2934
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.91512.03920.13954.86811.0090.4791-0.05390.1372-0.1395-0.1956-0.014-0.20190.13460.14290.06790.09780.0343-0.01470.38320.00230.244923.4152-9.090469.5036
23.63840.7103-1.25022.3062-0.58644.10550.095-0.12650.07620.17680.04020.1549-0.077-0.0701-0.13520.13590.0080.00050.1645-0.00830.21332.08168.726297.1054
32.4314-1.7106-0.13186.33631.5613.08820.04030.2214-0.0125-0.1552-0.16550.5608-0.1959-0.31310.12520.0037-0.0136-0.02890.26330.02120.2636-0.79355.375775.1587
42.6461-2.60010.30045.24730.96062.1030.0445-0.27120.130.07960.0794-0.2666-0.08170.2156-0.12390.4035-0.01780.02730.4083-0.01170.279531.90349.847740.5755
52.9431-0.52220.62492.0616-1.15566.6782-0.04970.0999-0.0403-0.27240.06260.02110.0982-0.0098-0.01290.6104-0.01340.06640.167-0.01820.256628.018-7.65976.2418
61.6140.7501-0.15936.13742.77893.7208-0.059-0.0303-0.1117-0.1725-0.19580.60330.2235-0.58980.25480.4927-0.0101-0.03320.36960.01720.282713.7752-4.799423.0957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 1817 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1AL601
3X-RAY DIFFRACTION1AE501 - 502
4X-RAY DIFFRACTION1AG511 - 512
5X-RAY DIFFRACTION1AH521 - 522
6X-RAY DIFFRACTION2AA182 - 280182 - 280
7X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 991 - 99
8X-RAY DIFFRACTION4CC7 - 1817 - 181
9X-RAY DIFFRACTION4CM602
10X-RAY DIFFRACTION4CI501 - 502
11X-RAY DIFFRACTION4CK511
12X-RAY DIFFRACTION5CC182 - 279182 - 279
13X-RAY DIFFRACTION6DD1 - 991 - 99
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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