+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1onq | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() : / : / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zajonc, D.M. / Elsliger, M.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of CD1a in complex with a sulfatide self antigen at a resolution of 2.15 A. Authors: Zajonc, D.M. / Elsliger, M.A. / Teyton, L. / Wilson, I.A. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 180.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 142.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1gzqS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | biologically active subunit is a heterodimer of CD1a and beta-2-microglobulin |
-
Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 32510.408 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 4 types, 7 molecules ![](data/chem/img/FUC.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ![]() #7: Sugar | ChemComp-NAG / | ![]() |
---|
-Non-polymers , 2 types, 452 molecules ![](data/chem/img/SLF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.22 % | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / pH: 8.5 Details: MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / Method: vapor diffusion / PH range low: 8.5 / PH range high: 8 | ||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2002 |
Radiation | Monochromator: SI 220 SINGLE CRYSTAL, CYLINDRICALLY BENT / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 48912 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.6 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.15 Å / Lowest resolution: 40 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 76.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 1GZQ Resolution: 2.15→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.285 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.237 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 13.91 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→40 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
|