PDB-1oia: U1A rnp domain 1-95

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oia

タイトル

U1A rnp domain 1-95

要素

U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A

キーワード

RIBONUCLEOPROTEIN / NUCLEAR PROTEIN / RNA-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Nagai, K. / Evans, P.R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the RNA-Binding Domain of the U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
著者: Nagai, K. / Oubridge, C. / Jessen, T.H. / Li, J. / Evans, P.R.

履歴

置き換え	2003年6月12日	ID: 1NRC
登録	2003年6月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oia.cif.gz	48 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oia.ent.gz	37 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/1oia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aud 1drz 1dz5 1fht 1m5k 1m5o 1m5p 1m5v 1nu4 1urn 2u1a 3utr 4pr6
類似構造データ	4fjo-1 2mry-d 4nmt-2 3ktf-1 4zz8-2 1jnt-d 2lp6-d 3mus-1 6r1x-1 6lax-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (4) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (4)

登録構造単位

A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A

B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.125, 148.125, 148.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	214
Space group name H-M	I4₁32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1263, 0.1311, -0.9833), (0.1348, -0.9798, -0.1479), (-0.9828, -0.1512, 0.1061)
ベクター: 69.04, 69.53, 70.72)

#1: タンパク質	U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A / U1 SNRNP A PROTEIN 分子量: 10946.722 Da / 分子数: 2 / 断片: RNP DOMAIN RESIDUES 1-95 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.23 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE WEISSENBERG METHOD.
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 2M NA/K PHOSPHATE PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 287 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 1
検出器	検出器: WEISENBERG / 日付: 1991年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 12666 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.074

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
WEIS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→105.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 7.095 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOOP B48-B52 IS FLEXIBLE AND MAY BE WRONG

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	518	4.8 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.194	10374	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→105.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1437	0	0	92	1529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.959	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.618	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.247	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.283	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.252	1.5	879
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.367	2	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.468	3	585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.472	4.5	537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	29
R_work	0.237	721

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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