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- PDB-1aud: U1A-UTRRNA, NMR, 31 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aud
タイトルU1A-UTRRNA, NMR, 31 STRUCTURES
要素
  • RNA 3UTR
  • U1A 102
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / COMPLEX (RIBONUCLEOPROTEIN-RNA) / RNP DOMAIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Allain, F.H.-T. / Gubser, C.C. / Howe, P.W.A. / Nagai, K. / Neuhaus, D. / Varani, G.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Structural basis of the RNA-binding specificity of human U1A protein.
著者: Allain, F.H. / Howe, P.W. / Neuhaus, D. / Varani, G.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 1998
タイトル: Determination of the NMR Structure of the Complex between U1A Protein and its RNA Polyadenylation Inhibition Element
著者: Howe, P.W.A. / Allain, F.H.T. / Varani, G. / Neuhaus, D.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Specificity of Ribonucleoprotein Interaction Determined by RNA Folding During Complex Formulation
著者: Allain, F.H. / Gubser, C.C. / Howe, P.W. / Nagai, K. / Neuhaus, D. / Varani, G.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure at 1.92 A Resolution of the RNA-Binding Domain of the U1A Spliceosomal Protein Complexed with an RNA Hairpin
著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K.
履歴
登録1997年8月22日処理サイト: BNL
置き換え1998年2月25日ID: 1NUM
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA 3UTR
A: U1A 102


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2102
ポリマ－21,2102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 50LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: RNA鎖 RNA 3UTR / UUCG TETRALOOP / ONLY BOX 1 OF 3'UTR RNA


分子量: 9596.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 U1A 102 / U1 SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN A


分子量: 11613.582 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1 - 102 OF U1A / Mutation: Y30H, Q35R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: U1A 1-102 / プラスミド: PET13A / 遺伝子 (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM NACL / Temperature units: K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR3.1構造決定
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: STARTING WITH 50 STRUCTURES WITH RANDOMISED BACKBONE TORSION ANGLES ON BOTH THE RNA AND THE PROTEIN COMPONENTS, 31 STRUCTURES WERE FOUND TO HAVE CONVERGED. THE X-PLOR PROTOCOL START WITH A ...詳細: STARTING WITH 50 STRUCTURES WITH RANDOMISED BACKBONE TORSION ANGLES ON BOTH THE RNA AND THE PROTEIN COMPONENTS, 31 STRUCTURES WERE FOUND TO HAVE CONVERGED. THE X-PLOR PROTOCOL START WITH A PERIOD OF SIMULATED ANNEALING WITH ONLY DISTANCE CONSTRAINTS (249 1 INCLUDING 123 INTERMOLECULAR) FOLLOWED BY A PERIOD OF REFINEMENT WHERE 110 DIHEDRAL CONSTRAINTS DERIVED FROM J COUPLING ANALYSIS AND PHOSPHORUS CHEMICAL SHIFT VALUE WERE ADDED (IN THE RNA ONLY). NO DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS AND AN AVERAGE OF 4 NOE VIOLA TIONS BETWEEN 0.2 - 0.5 A WERE FOUND IN THE 31 CONVERGED STRUCTURES.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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