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- PDB-1drz: U1A SPLICEOSOMAL PROTEIN/HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1drz
タイトルU1A SPLICEOSOMAL PROTEIN/HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME COMPLEX
要素
  • PROTEIN (U1 SMALL RIBONUCLEOPROTEIN A)
  • RNA (HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CATALYTIC RNA / RIBOZYME / RNA-BINDING PROTEIN / U1A / HDV / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferre-D'Amare, A.R. / Zhou, K. / Doudna, J.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a hepatitis delta virus ribozyme.
著者: Ferre-D'Amare, A.R. / Zhou, K. / Doudna, J.A.
履歴
登録1998年9月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME)
A: PROTEIN (U1 SMALL RIBONUCLEOPROTEIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8427
ポリマ－34,5762
非ポリマー2655
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.350, 109.350, 190.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH32

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要素

#1: RNA鎖 RNA (HEPATITIS DELTA VIRUS GENOMIC RIBOZYME) / HDV RIBOZYME / DELTA RIBOZYME


分子量: 23179.793 Da / 分子数: 1 / 断片: RIBOZYME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RNA IS THE PRODUCT OF SELF-CLEAVAGE. NUCLEOTIDES 146 - 159 INCLUSIVE ARE AN ENGINEERED COGNATE BINDING SITE FOR THE U1A PROTEIN
由来: (組換発現) Hepatitis delta virus (D 型肝炎ウイルス)
属: Deltavirus
解説: RNA PRODUCED BY IN VITRO RUN-OFF TRANSCRIPTION WITH BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE FROM PLASMID DNA LINEARIZED WITH RESTRICTION ENZYME BSAI. T7 TRANSCRIPT
プラスミド: PDU9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 PROTEIN (U1 SMALL RIBONUCLEOPROTEIN A) / U1A-RBD / U1SNRNP


分子量: 11396.701 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA BINDING DOMAIN / Mutation: Y31H, Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONYL PROTEIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: (A1-98 Y31H Q36R) T7 PLASMID EXPRESSED IN E. COLI STRAIN B834 GROWN IN MINIMAL MEDIUM SUPPLEMENTED WITH SELENOMETHIONINE;
プラスミド: T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMprotein1drop
21.25 mM1dropMgCl2
312.5-14 %(w/v)mPEG20001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
5200-250 mM1reservoirLi2SO4
64 mMspermine-HCl1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9761, 0.9794, 0.9792, 1.1390
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97611
20.97941
30.97921
41.1391
反射解像度: 2.9→41.3 Å / Num. all: 17817 / Num. obs: 17817 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 47.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 55889
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS0.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 2082995.34 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1861 9.8 %RANDOM
Rwork0.281 ---
obs0.281 18903 95.6 %-
all-18903 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.3 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10 Å20.08 Å20 Å2
2---10 Å20 Å2
3---20.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.47 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数802 1532 13 19 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.441
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.732
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 295 9.4 %
Rwork0.426 2841 -
obs--96.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.8 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 76.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.399 / % reflection Rfree: 9.4 % / Rfactor Rwork: 0.426

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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