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万見
- PDB-1ogq: The crystal structure of PGIP (polygalacturonase inhibiting prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ogq
タイトルThe crystal structure of PGIP (polygalacturonase inhibiting protein), a leucine rich repeat protein involved in plant defense
要素POLYGALACTURONASE INHIBITING PROTEIN
キーワードINHIBITOR / POLYGALACTURONASE INHIBITING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Polygalacturonase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種PHASEOLUS VULGARIS (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Di Matteo, A. / Federici, L. / Mattei, B. / Salvi, G. / Johnson, K.A. / Savino, C. / De Lorenzo, G. / Tsernoglou, D. / Cervone, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Polygalacturonase-Inhibiting Protein (Pgip), a Leucine-Rich Repeat Protein Involved in Plant Defense
著者: Di Matteo, A. / Federici, L. / Mattei, B. / Salvi, G. / Johnson, K.A. / Savino, C. / De Lorenzo, G. / Tsernoglou, D. / Cervone, F.
履歴
登録2003年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYGALACTURONASE INHIBITING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9676
ポリマ－34,0231
非ポリマー9445
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.840, 65.450, 34.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 POLYGALACTURONASE INHIBITING PROTEIN / PGIP-2


分子量: 34022.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHASEOLUS VULGARIS (インゲン) / 発現宿主: NICOTIANA BENTHAMIANA (ナス科) / 参照: UniProt: P58822
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細INHIBITOR OF FUNGAL POLYGALACTURONASE. THE PROTEIN IS AN IMPORTANT FACTOR FOR PLANT RESISTANCE TO ...INHIBITOR OF FUNGAL POLYGALACTURONASE. THE PROTEIN IS AN IMPORTANT FACTOR FOR PLANT RESISTANCE TO PHYTOPATHOGENIC FUNGI.
Has protein modificationY
配列の詳細THE PGIP2_PHAVU IN THE SWISS-PROT DATABASE CONTAINS THE SIGNAL PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-30 %(w/v)PEG40001reservoir
20.18-0.2 Mammonium acetate1reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
44.0 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 34715 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 65.5
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 330460 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 65.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→25 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 -5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs-34715 94.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 60 320 2772
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.244 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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