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- PDB-1ogi: FERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE MUTANT WITH THR 155 REPLACED BY GLY AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ogi
タイトルFERREDOXIN:NADP+ REDUCTASE MUTANT WITH THR 155 REPLACED BY GLY AND ALA 160 REPLACED BY THR (T155G-A160T)
要素FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / NADP / FAD / FNR / NADP REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transport chain / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / Ferredoxin--NADP reductase / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / Ferredoxin--NADP reductase / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ANABAENA SP. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Hermoso, J.A. / Mayoral, T. / Julvez, M.M. / Medina, M. / Sanz-Aparicio, J. / Gomez-Moreno, C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Involvement of the Pyrophosphate and the 2'-Phosphate Binding Regions of Ferredoxin-Nadp+ Reductase in Coenzyme Specificity.
著者: Tejero, J. / Martinez-Julvez, M. / Mayoral, T. / Luquita, A. / Sanz-Aparicio, J. / Hermoso, J.A. / Hurley, J.K. / Tollin, G. / Gomez-Moreno, C. / Medina, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of the Ferredoxin:Nadp+ Reductase from the Cyanobacterium Anabanena Pcc 7119 at 1.8A Resolution,Band Crystallographic Studies of Nadp Binding at 2.25A Resolution
著者: Serre, L. / Vellieux, F.M.D. / Medina, M. / Gomez-Moreno, C. / Fontecilla, J.C. / Frey, M.
履歴
登録2003年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9093
ポリマ－34,0281
非ポリマー8822
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.330, 87.330, 96.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN--NADP+ REDUCTASE / FNR


分子量: 34027.648 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 138-440 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ANABAENA SP. (STRAIN PCC 7119) (バクテリア)
株: PCC 7119 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P21890, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATIONS THR292GLY, ALA297THR. THE PROTEIN IS FROM CYANOBACTERIUM ANABAENA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 5 / 詳細: pH 5.00
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris-HCl1droppH8.0
25 %(w/v)beta-octylglucoside1drop
318-20 %(w/v)PEG60001reservoir
420 mMammonium sulfate1reservoir
50.1 MMES-NaOH1reservoirpH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→20.49 Å / Num. obs: 50902 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 0.067
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 0.71 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.63 Å / 最低解像度: 20.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.63 Å / % possible obs: 98.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QUE

1que


解像度: 1.64→20.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1405773.7 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 3590 7.1 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 50874 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å21.44 Å20 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3----4.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→20.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2337 0 58 358 2753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 591 7.1 %
Rwork0.334 7705 -
obs--96.9 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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