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- PDB-1ocq: COMPLEX OF THE ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHEARANS AT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ocq
タイトルCOMPLEX OF THE ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHEARANS AT 1.08 ANGSTROM RESOLUTION with cellobio-derived isofagomine
要素ENDOGLUCANASE 5A
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / GLYCOSIDASE / ENDOGLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Endoglucanase 5A
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Varrot, A. / Macdonald, J. / Stick, R.V. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Direct Observation of the Protonation State of an Imino Sugar Glycosidase Inhibitor Upon Binding
著者: Varrot, A. / Tarling, C.A. / Macdonald, J.M. / Stick, R.V. / Zechel, D.L. / Withers, S.G. / Davies, G.J.
履歴
登録2003年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE 5A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6066
ポリマ－33,9981
非ポリマー6085
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.023, 69.677, 76.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE 5A / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE / ALKALINE CELLULASE / CEL5A


分子量: 33998.023 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN ONLY, RESIDUES 27-329 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOTER / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: O85465, cellulase
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 449分子

#2: 化合物 ChemComp-IFM / 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE / Afegostat / isofagomine / (3R,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-3,4-DIOL / イソファゴミン


分子量: 147.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENDOHYDROLYSES 1,4-BETA-D-GLUCOSIDIC LINKAGES IN CELLULOSE, LICHENIN AND CEREAL BETA-D-GLUCANS.
配列の詳細THE FIRST 26 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND TO THE PROSEQUENCE. OUR NUMBERING BEGIN AT THE ...THE FIRST 26 RESIDUES IN THE DATABASE CORRESPOND TO THE PROSEQUENCE. OUR NUMBERING BEGIN AT THE FIRST RESIDUE OBTAINED AFTER CLEAVAGE OF THE PROSEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: PROTEIN WAS USED AT A CONCENTRATION OF 10MG/ML. IT WAS INCUBATED WITH 5MM CELLOBIO-DERIVED ISOFAGOMINE FOR AN HOUR PRIOR CRYSTALLISATION. THE VAPOR DIFFUSION METHOD WAS USED. 1.3 M AMMONIUM ...詳細: PROTEIN WAS USED AT A CONCENTRATION OF 10MG/ML. IT WAS INCUBATED WITH 5MM CELLOBIO-DERIVED ISOFAGOMINE FOR AN HOUR PRIOR CRYSTALLISATION. THE VAPOR DIFFUSION METHOD WAS USED. 1.3 M AMMONIUM SULPHATE WERE USED AS PRECIPITANT. 20 % GLYCEROL WAS ADDED FOR CRYOPROTECTION, pH 5.20
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein11
21.3 Mammonium sulfate12pH5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→15 Å / Num. obs: 126591 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.08 Å / 最低解像度: 15 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.1 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTR 6A3H

6a3h


解像度: 1.08→14.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.306 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.127 6322 5 %RANDOM
Rwork0.115 ---
obs0.115 119168 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2377 0 38 445 2860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9293421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1334950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4335303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2730.22429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21255
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3581.51499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04622416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6931012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8764.51003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.11 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.17 476
Rwork0.159 8574
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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