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- PDB-1oau: Fv Structure of the IgE SPE-7 in complex with DNP-Ser (immunising... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oau
タイトルFv Structure of the IgE SPE-7 in complex with DNP-Ser (immunising hapten)
要素(IMMUNOGLOBULIN ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY-COMPLEX / ANTIBODY / ALLERGY / IGE / CONFORMATIONAL DIVERSITY / MULTISPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / immune response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DINITROPHENOL / IMIDAZOLE / SERINE / Ig lambda-1 chain V regions MOPC 104E/RPC20/J558/S104
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者James, L.C. / Roversi, P. / Tawfik, D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Antibody Multispecificity Mediated by Conformational Diversity
著者: James, L.C. / Roversi, P. / Tawfik, D.
履歴
登録2003年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: IMMUNOGLOBULIN E
I: IMMUNOGLOBULIN E
J: IMMUNOGLOBULIN E
K: IMMUNOGLOBULIN E
L: IMMUNOGLOBULIN E
M: IMMUNOGLOBULIN E
N: IMMUNOGLOBULIN E
O: IMMUNOGLOBULIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,58914
ポリマ－100,8728
非ポリマー7176
水7,116395
1
H: IMMUNOGLOBULIN E
L: IMMUNOGLOBULIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5765
ポリマ－25,2182
非ポリマー3583
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PQS
2
I: IMMUNOGLOBULIN E
M: IMMUNOGLOBULIN E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2182
ポリマ－25,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PQS
3
J: IMMUNOGLOBULIN E
N: IMMUNOGLOBULIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5765
ポリマ－25,2182
非ポリマー3583
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-19.5 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PQS
4
K: IMMUNOGLOBULIN E
O: IMMUNOGLOBULIN E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2182
ポリマ－25,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-4.6 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.459, 79.480, 168.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00184, -1, -0.00212), (-1, -0.00184, 0.00017), (-0.00018, 0.00212, -1)59.2962, 59.1728, 126.7871
2given(-0.00213, -1, -0.00143), (-1, 0.00213, -0.00137), (0.00138, 0.00143, -1)59.3286, 59.1707, 126.8014
3given(0.00207, -1, 0.00197), (-1, -0.00207, -0.00053), (0.00053, -0.00197, -1)58.9614, 59.3651, 126.9268
4given(-0.00841, -0.99992, 0.00917), (-0.99996, 0.00841, -0.0003), (0.00022, -0.00917, -0.99996)58.9366, 58.842, 127.2552

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 HIJKLMNO

#1: 抗体
IMMUNOGLOBULIN E


分子量: 13687.315 Da / 分子数: 4 / 断片: FV REGION, RESIDUES 1-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: EXPRESSED AS RECOMBINANT FV IN E.COLI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: 抗体
IMMUNOGLOBULIN E


分子量: 11530.808 Da / 分子数: 4 / 断片: FV REGION, RESIDUES 1-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: EXPRESSED AS RECOMBINANT FV IN E.COLI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P01724*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 401分子

#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-DNF / 2,4-DINITROPHENOL


分子量: 184.106 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O5
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7
詳細: 24% PEG8K,0.1M NA ACETATE, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, PH7, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 %PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir
30.2 Mammonium sulfate1reservoirpH5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.807→30.015 Å / Num. obs: 90268 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 70.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 90267 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANQ

1anq


解像度: 1.8→30.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.653 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 -5.14 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 90268 91.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5178 0 48 395 5621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.2070.0216738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0920.025971
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.9951.949104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.142313816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4645815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.3615703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr3.0430.21002
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.027288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0160.021414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.6320.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.370.27568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.120.24043
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3790.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3080.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1721.54136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.53526618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.02432602
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1364.52486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→30.02 Å / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Rfactor Rfree: 0.269
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.222

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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