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- PDB-1oak: CRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN IN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oak
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN IN COMPLEX WITH THE FUNCTION BLOCKING NMC-4 FAB
要素
  • (NMC-4 IGG1) x 2
  • VON WILLEBRAND FACTOR
キーワードCOMPLEX (WILLEBRAND/IMMUNOGLOBULIN) / VON WILLEBRAND FACTOR / GLYCOPROTEIN IBA (A:ALPHA) BINDING / COMPLEX (WILLEBRAND-IMMUNOGLOBULIN) / BLOOD COAGULATION / COMPLEX (WILLEBRAND-IMMUNOGLOBULIN) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin binding / complement activation, classical pathway / Integrin cell surface interactions / antigen binding / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / positive regulation of phagocytosis / platelet alpha granule lumen / B cell differentiation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of immune response / platelet activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / antibacterial humoral response / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / protease binding / cell adhesion / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / : / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Ig gamma-1 chain C region secreted form / von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Celikel, R. / Varughese, K.I.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the von Willebrand factor A1 domain in complex with the function blocking NMC-4 Fab.
著者: Celikel, R. / Varughese, K.I. / Madhusudan / Yoshioka, A. / Ware, J. / Ruggeri, Z.M.
#1: ジャーナル: Blood Cells Mol.Dis. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of Nmc-4 Fab Anti-Von Willebrand Factor A1 Domain
著者: Celikel, R. / Madhusudan / Varughese, K.I. / Shima, M. / Yoshioka, A. / Ware, J. / Ruggeri, Z.M.
履歴
登録1997年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: NMC-4 IGG1
H: NMC-4 IGG1
A: VON WILLEBRAND FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7933
ポリマ－69,7933
非ポリマー00
水6,593366
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)208.200, 61.900, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 NMC-4 IGG1


分子量: 23461.805 Da / 分子数: 1
断片: FAB FRAGMENT, AN ANTI VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE ANTIBODY HEAVY CHAIN CONSISTS OF TWO SEGMENTS, H1 AND H2, BOTH LABELED CHAIN H IN THIS ENTRY
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 器官: BLOOD / 細胞株 (発現宿主): MOPC21 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1890296
#2: 抗体 NMC-4 IGG1


分子量: 23887.551 Da / 分子数: 1
断片: FAB FRAGMENT, AN ANTI VON WILLEBRAND FACTOR (VWF) A1 DOMAIN
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE ANTIBODY HEAVY CHAIN CONSISTS OF TWO SEGMENTS, H1 AND H2, BOTH LABELED CHAIN H IN THIS ENTRY
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: HYBRIDOMA / 器官: BLOOD / 細胞株 (発現宿主): MOPC21 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1890294, UniProt: P01868*PLUS
#3: タンパク質 VON WILLEBRAND FACTOR


分子量: 22444.135 Da / 分子数: 1
断片: A1 DOMAIN RESIDUES 507 - 702, OR GLYCOPROTEIN IBA (A\:ALPHA) BINDING DOMAIN
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD / プラスミド: PET8C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 / 詳細: PT COATED SI FLAT MIRROR BENT FOR VERTICAL FOCUS
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 44346 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1610 4 %
Rwork0.201 --
obs0.201 44346 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.9 Å20 Å20 Å2
2---17.3 Å20 Å2
3---5.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5241 0 0 366 5607
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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