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万見
- PDB-1o9d: Structural view of a fungal toxin acting on a 14-3-3 regulatory c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o9d
タイトルStructural view of a fungal toxin acting on a 14-3-3 regulatory complex
要素
  • 14-3-3-LIKE PROTEIN C
  • PLASMA MEMBRANE H+ ATPASE
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN-BINDING / FUSICOCCIN / 14-3-3 FAMILY / ACTIVATING DRUG / PLANT PLASMA MEMBRANE (H+)ATPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type proton-exporting transporter activity / regulation of intracellular pH / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3-like protein C / Plasma membrane H+ ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種NICOTIANA TABACUM (タバコ)
NICOTIANA PLUMBAGINIFOLIA (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wurtele, M. / Jelich-Ottmann, C. / Wittinghofer, A. / Oecking, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structural View of a Fungal Toxin Acting on a 14-3-3 Regulatory Complex
著者: Wurtele, M. / Jelich-Ottmann, C. / Wittinghofer, A. / Oecking, C.
履歴
登録2002年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3-LIKE PROTEIN C
P: PLASMA MEMBRANE H+ ATPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0772
ポリマ－30,0772
非ポリマー00
水3,153175
1
A: 14-3-3-LIKE PROTEIN C
P: PLASMA MEMBRANE H+ ATPASE

A: 14-3-3-LIKE PROTEIN C
P: PLASMA MEMBRANE H+ ATPASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1534
ポリマ－60,1534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area4250 Å2
ΔGint-24.83 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.126, 110.126, 136.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細THE ENTRY IS A DIMER OF CHAIN A, WHICH IN COMPLEX WITH PEPTIDE CHAIN P MAKES IT APPEAR AS A TETRAMERIC COMPLEX OF CHAINS A AND P.

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要素

#1: タンパク質 14-3-3-LIKE PROTEIN C


分子量: 29399.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GENE BANK AAC49892 / 由来: (組換発現) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P93343
#2: タンパク質・ペプチド PLASMA MEMBRANE H+ ATPASE


分子量: 676.610 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 436-440 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) NICOTIANA PLUMBAGINIFOLIA (ナス科) / 参照: UniProt: Q40409
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: PEG400, CITRATE PH 4.7, 0.2 MM AMMONIUM ACETATE
結晶化
*PLUS
pH: 4.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
121 %PEG4001reservoir
20.1 mMcitrate1reservoirpH4.7
30.2 mMammonium acetate1reservoirpH7.0
410 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器日付: 2001年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 21328 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 131256
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A4O

1a4o


解像度: 2.3→19.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 3077461.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1041 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.21 21283 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9462 Å2 / ksol: 0.340913 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.16 Å25.52 Å20 Å2
2--8.16 Å20 Å2
3----16.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 0 175 2050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 153 4.3 %
Rwork0.284 3396 -
obs--97.8 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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