PDB-1o8v: The crystal structure of Echinococcus granulosus fatty-acid-bindi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1o8v

タイトル

The crystal structure of Echinococcus granulosus fatty-acid-binding protein 1

要素

FATTY ACID BINDING PROTEIN HOMOLOG

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FATTY-ACID-BINDING PROTEIN / ECHINOCOCCUS GRANULOSUS / HYDATID DISEASE / FATTY-ACID TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ECHINOCOCCUS GRANULOSUS (いりゅうじょうちゅう)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Jakobsson, E. / Alvite, G. / Bergfors, T. / Esteves, A. / Kleywegt, G.J.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Echinococcus Granulosus Fatty-Acid-Binding Protein 1
著者: Jakobsson, E. / Alvite, G. / Bergfors, T. / Esteves, A. / Kleywegt, G.J.

履歴

登録	2002年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年10月9日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature ...pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / struct_conn Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1o8v.cif.gz	43.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1o8v.ent.gz	29.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1o8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1o8v_validation.pdf.gz	655.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1o8v_full_validation.pdf.gz	655.3 KB	表示
XML形式データ	1o8v_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	1o8v_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/1o8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pmpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nve-d 1yiv-d 1lie-d 6ew5-4 1a18-d 5hz9-6 1jbh-d 1vyg-d 3wam-d 3b2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (3)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FATTY ACID BINDING PROTEIN HOMOLOG

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.714, 54.834, 38.691
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FATTY ACID BINDING PROTEIN HOMOLOG / FATTY ACID BINDING PROTEIN 1 / FABP1 / DF1 / EGDF1 分子量: 15131.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACETYLATED AMINO TERMINUS, MODIFIED CYSTEINE A 63 由来: (組換発現) ECHINOCOCCUS GRANULOSUS (いりゅうじょうちゅう) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02970
#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	MEMBER OF THE FABP/P2/CRBP/CRABP FAMILY OF TRANSPORTERS.
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %

結晶化

pH: 8.6
詳細: 30% (V/V) MMEPEG 5000, 0.1 M TRIS-HCL,PH 8.6,0.1 M NAAC.

結晶化

*PLUS

pH: 8.3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	30 mM	Tris-HCl	1	drop	pH8.3
3	30 %(v/v)	PEG5000 MME	1	reservoir
4	0.1 M	Tris-HCl	1	reservoir	pH8.6
5	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0038
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月15日 / 詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0038 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 15644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.23 % / B_iso Wilson estimate: 12.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / R_merge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 14.7 / % possible all: 98.6
反射	PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 38.1 Å / Num. measured all: 81862 / R_merge(I) obs*: 0.043
反射シェル	PLUS % possible obs: 98.6 % / R_merge(I) obs*: 0.066

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PMP CHAIN A

1pmp

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 1.171 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS THE LAST REFINEMENT ROUND WAS DONE AGAINST ALL DATA, RFREE VALUES ARE THE LAST RECORDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1575	10.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	15620	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	-0.48 Å²
2-	-	-0.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1057	0	18	143	1218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.988	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.778	3	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.349	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.216	134
R_work	0.165	1114

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å / R_factor R_work: 0.174

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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