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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o7q | |||||||||
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タイトル | Roles of Individual Residues of Alpha-1,3 Galactosyltransferases in Substrate Binding and Catalysis | |||||||||
![]() | N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / ALPHA-1 / 3-GALACTOSYLTRANSFERASE-UDP COMPLEX / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / XENOTRANSPLANTATION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi apparatus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Deshpande, A. / Natesh, R. / Xie, Z. / Acharya, K.R. / Brew, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Roles of Individual Enzyme-Substrate Interactions by Alpha-1,3-Galactosyltransferase in Catalysis and Specificity. 著者: Zhang, Y. / Swaminathan, G.J. / Deshpande, A. / Boix, E. / Natesh, R. / Xie, Z. / Acharya, K.R. / Brew, K. #1: ![]() タイトル: Udp-Galactose:Beta-Galactoside-Alpha-1,3-Galactosyl Transferase at1.53-A Resolution Reveals a Conformational Change in Thecatalytically Important C Terminus 著者: Boix, E. / Swaminathan, G.J. / Zhang, Y. / Natesh, R. / Brew, K. / Acharya, K.R. #2: ![]() タイトル: Bovine Alpha1,3-Galactosyltransferase Catalytic Domain Structure and its Relationship with Abo Hhisto-Blood Group and Glycophingolipid Glycosyltransferases 著者: Gastinal, L.N. / Bignon, C. / Misra, A.K. / Hindsgaul, O. / Shaper, J.H. / Joziasse, D.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 330.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 731.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 743.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34090.164 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 80-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 963分子 






#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-UDP / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | TRANSFER OF GALACTOSE FROM UDP-GALACTOSE TO AN ACCEPTOR MOLECULE UDP-GALACTOSE + BETA-D-GALACTOSYL- ...TRANSFER OF GALACTOSE FROM UDP-GALACTOSE TO AN ACCEPTOR MOLECULE UDP-GALACTOSE + BETA-D-GALACTOSYL |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: PEG6000, TRIS/HCL, pH 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→40 Å / Num. obs: 184017 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.77 % / Net I/σ(I): 15.85 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.23 / % possible all: 67.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 1062198 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67.7 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GWW 解像度: 1.3→40 Å / Num. parameters: 53725 / Num. restraintsaints: 65073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 21 / Occupancy sum hydrogen: 4662 / Occupancy sum non hydrogen: 5881 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.3 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.154 / Rfactor Rwork: 0.107 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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