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- PDB-1o6t: Internalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, un... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o6t
タイトルInternalin (INLA, Listeria monocytogenes) - functional domain, uncomplexed
要素INTERNALIN A
キーワードCELL INVASION / BACTERIAL INFECTION / LEUCINE RICH REPEAT / CELL ADHESION / CELL-WALL SURFACE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / peptidoglycan-based cell wall / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : ...: / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / Immunoglobulin-like - #1220 / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin A / Internalin A
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schubert, W.-D. / Urbanke, C. / Ziehm, T. / Beier, V. / Machner, M.P. / Domann, E. / Wehland, J. / Chakraborty, T. / Heinz, D.W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2002
タイトル: Structure of Internalin, a Major Invasion Protein of Listeria Monocytogenes, in Complex with its Human Receptor E-Cadherin
著者: Schubert, W.-D. / Urbanke, C. / Ziehm, T. / Beier, V. / Machner, M.P. / Domann, E. / Wehland, J. / Chakraborty, T. / Heinz, D.W.
履歴
登録2002年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERNALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,73514
ポリマ－50,2391
非ポリマー1,49613
水12,647702
1
A: INTERNALIN A
ヘテロ分子

A: INTERNALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,47028
ポリマ－100,4782
非ポリマー2,99126
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3110 Å2
ΔGint-1.3 kcal/mol
Surface area46280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.919, 55.881, 97.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.07, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2213-

HOH

21A-2637-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 INTERNALIN A


分子量: 50239.133 Da / 分子数: 1 / 断片: FUNCTIONAL DOMAIN, RESIDUES 36-496 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES (バクテリア)
株: EGD-E / Variant: SEROVAR 1/2A / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25146, UniProt: P0DJM0*PLUS

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非ポリマー , 6種, 715分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 702 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FIRST FIVE RESIDUES (GPLGS) INTRODUCED THROUGH CLONING PROCEDURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP, PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2. CRYSTALS GREW APPROX 2 ...詳細: METHOD: VAPOUR DIFFUSION / HANGING DROP, PROTEIN: 10 MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.0, RESEVOIR: 10% PEG 4000, 100 MM MES/TRIS PH 6.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 10 MM CACL2. CRYSTALS GREW APPROX 2 YEARS AFTER SETUP. TRUE CRYSTALLIZATION CONDITIONS PROBABLY DEVIATE FROM THOSE INDICATED
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG40001reservoir
3100 mMMES-Tris1reservoirpH6.0
4100 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.1 Å / Num. obs: 50336 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 84.3
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 62613 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.63 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.384 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 3170 5.1 %RANDOM
Rwork0.131 ---
obs0.133 59440 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å2-0.37 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3505 0 79 702 4286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0214504
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9796265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85739459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.825628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3150.31070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2650.35443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.52833
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.190.56
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.593
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.32122855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14334780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97321649
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.20531485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.27 222
Rwork0.206 4201
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.173 / Rfactor Rwork: 0.141
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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