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- PDB-1o5f: Dissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1o5f
タイトルDissecting and Designing Inhibitor Selectivity Determinants at the S1 site Using an Artificial Ala190 Protease (Ala190 uPA)
要素(Serine protease hepsin) x 2
キーワードserine protease / hydrolase / srcr / scavenger receptor cysteine-rich domain / serine protease Ala190 uPA / S1 site / selectivity / conserved water displacement hydrogen bond deficit / trypsin / thrombin / hepsin / factor VIIa
機能・相同性
機能・相同性情報


hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation ...hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation / response to thyroid hormone / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation by host of viral transcription / positive regulation of hepatocyte proliferation / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / peptidase activity / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CR9 / Serine protease hepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. ...Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. / Sprengeler, P.A. / Chan, H. / Mortara, K. / Janc, J.W. / McGrath, M.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Dissecting and designing inhibitor selectivity determinants at the S1 site using an artificial Ala190 protease (Ala190 uPA).
著者: Katz, B.A. / Luong, C. / Ho, J.D. / Somoza, J.R. / Gjerstad, E. / Tang, J. / Williams, S.R. / Verner, E. / Mackman, R.L. / Young, W.B. / Sprengeler, P.A. / Chan, H. / Mortara, K. / Janc, J.W. / McGrath, M.E.
履歴
登録2003年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Serine protease hepsin
H: Serine protease hepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4783
ポリマ－40,0952
非ポリマー3821
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.02, 47.95, 63.38
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 105.23, 90.0
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine protease hepsin / E.C.3.4.21.- / Transmembrane protease / serine 1


分子量: 12522.299 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain / 変異: N67A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPN OR TMPRSS1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): KM71
参照: UniProt: P05981, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質 Serine protease hepsin / E.C.3.4.21.- / Transmembrane protease / serine 1


分子量: 27573.111 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain (catalytic domain) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPN OR TMPRSS1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): KM71
参照: UniProt: P05981, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#3: 化合物 ChemComp-CR9 / 2-{5-[AMINO(IMINIO)METHYL]-6-FLUORO-1H-BENZIMIDAZOL-2-YL}-6-[(2-METHYLCYCLOHEXYL)OXY]BENZENOLATE / CRA_11092 / 2-[2-ヒドロキシ-3-[[(1S)-2β-メチルシクロヘキサン-1α-イル]オキシ]フェニル]-6-フルオロ-1H(以下略)


分子量: 382.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23FN4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.2 M ammonium fluoride, 20-25% PEG 3350, 50 mM Tris, pH 7.6, vapor diffusion at 290 K

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データ収集

回折平均測定温度: 285 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→25.78 Å / Num. all: 33027 / Num. obs: 29302 / % possible obs: 88.72 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.78→1.86 Å / % possible obs: 43.4 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / Num. unique all: 4023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear1.3データ収集
CrystalClear1.3データ削減
X-PLOR3.851精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
Quantaモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.78→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.37 / 立体化学のターゲット値: X-PLOR force field
詳細: The first four residues of the light chain are not visible and are not included in the model. The loop comprising the sequence "RDPNSEE" between Phe_H97 and Asn_H99 is not visible and is not ...詳細: The first four residues of the light chain are not visible and are not included in the model. The loop comprising the sequence "RDPNSEE" between Phe_H97 and Asn_H99 is not visible and is not included in the model. Residues simultaneously refined in two or more conformations are: Ser_L36, Val_L75, Arg_L79, Lys_L112, Leu_H41, Leu_H46, Gln_H73, Ser_H109, Lys_H179, Pro_H185, Thr_H208, Ser_H246. Discretely disordered waters are HOH_212 and HOH_323. His_H40, HIS_H57, and His_H107 are doubly protonated. HIS_H91 is monoprotonated on the epsilon nitrogen No energy terms are included Og_Ser_H195, HOH_383, and O6' and HN3 of the inhibitor. These atoms form a short hydrogen-bonding network.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 4073 10 %
Rwork0.193 --
obs0.197 28688 88.43 %
all-32442 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5493 0 51 699 6243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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