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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1o1k | ||||||
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タイトル | Deoxy hemoglobin (A,C:V1M; B,D:V1M,V67W) | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / HEME / OXYGEN DELIVERY VEHICLE / BLOOD SUBSTITUTE / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brucker, E.A. | ||||||
![]() | #1: ![]() タイトル: Genetically Crosslinked Hemoglobin: A Structural Study 著者: Brucker, E.A. #2: ![]() タイトル: Rate of Reaction with Nitric Oxide Determines the Hypertensive Effect of Cell-Free Hemoglobin 著者: Doherty, D.H. / Doyle, M.P. / Curry, S.R. / Vali, R.J. / Fattor, T.J. / Olson, J.S. / Lemon, D.D. #3: ![]() タイトル: A Human Recombinant Hemoglobin Designed for Use as a Blood Substitute 著者: Looker, D. / Abbot-Brown, D. / Cozart, P. / Durfee, S. / Hoffman, S. / Mathews, A.J. / Miller-Roehrich, J. / Shoemaker, S. / Trimble, S. / Fermi, G. / Komiyama, N.H. / Nagai, K. / Stetler, G.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1c7cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15182.419 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 16009.343 Da / 分子数: 2 / 変異: V1M, V67W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 % |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 26599 / % possible obs: 71 % / 冗長度: 2.17 % / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / % possible all: 75.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1C7C 解像度: 2→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED / Rms dev position: 0.028 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
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