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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nzx | ||||||
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タイトル | Human mitochondrial aldehyde dehydrogenase complexed with NAD+ in the presence of low Mg2+ | ||||||
![]() | Aldehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALDH / NAD / NADH / isomerization | ||||||
機能・相同性 | ![]() Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / carboxylesterase activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Coenzyme isomerization is integral to catalysis in aldehyde dehydrogenase 著者: Perez-Miller, S.J. / Hurley, T.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 765.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 631.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 146.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 200.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54499.629 Da / 分子数: 8 断片: Complete mature sequence (does not contain mitochondrial leader sequence). 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.18 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: ACES, PEG 6000, Guanidine HCl, MgCl2, DTT. Crystal soaked at decreasing concentrations of Mg2+ and then with NAD+ and 0 Mg2+ prior to data collection. , pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月2日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic Confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 139419 / Num. obs: 134679 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10679 / % possible all: 77.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 546014 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1CW3 解像度: 2.45→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4952352.07 / Data cutoff high rms absF: 4952352.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: maximum likelihood target using amplitudes, Nicotinamide mononucleotide not modeled completely due to disorder.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.306436 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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